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El momento es el final de la era Samurai (Edo) y el nuevo gobierno Meiji se fundó en Japón. Tres hermanos jóvenes, Tenka, Soramaru y Chutaro, que son los guardianes del santuario de Kumou, se ponen de pie para evitar que el "Orochi" vuelva a la vida cada 300 años para salvar al país. Es un año después de la gran batalla contra el "Orochi" (serpiente gigante). La verdad detrás de la maldición, la razón detrás de la disputa entre Tenka y Kumou, y la historia de la muerte de sus padres se revela por primera vez.
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Marika Katou, estudiante de tercer año en la Academia de Chicas Hakuho, es un pirata espacial legítimo con una carta de marca. Entre sus estudios, dirigiendo el club de yates de su escuela, trabajando a tiempo parcial en el Café Lamp y siendo el capitán del barco pirata espacial Bentenmaru, los días de Marika están muy ocupados. Un día, Marika consigue un trabajo para robar un barco de pasajeros de clase alta, y descubre que en la lista de pasajeros está Kanata Mugen, un muchacho que posee un "paso de la galaxia". Así, comienza una aventura con una carrera hiperespacial entre piratas y un joven.
