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El caballero errante, Bedivere, llega al final de su viaje. Es el año 1273 d.C. en Jerusalén. La Tierra Santa se ha transformado en un enorme desierto y su gente se ha visto obligada a abandonar sus hogares cuando tres grandes potencias se declaran en guerra entre sí en este páramo. Los Caballeros de la Mesa Redonda se unen para proteger la Ciudad Santa y su Rey León. Con todo su reino convocado a una tierra extraña, Ozymandias, el Rey Sol, conspira silenciosamente contra la tiranía de este extraño reino. Los montañeses, protectores de los despojados de su tierra, esperan su oportunidad de rebelión. Para cumplir su misión, Bedivere se dirige a la Ciudad Santa donde gobierna el Rey León. Allí se encuentra con el último Maestro de la humanidad, Ritsuka Fujimaru, que ha venido a Jerusalén acompañado por su Demi-Servant, Mash Kyrielight, en su búsqueda por restaurar la historia humana.
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Un protagonista anónimo encuentra un diario en un hospital. El diario pertenece a su compañera de clase, una niña llamada Sakura Yamauchi, quien se revela que padece una enfermedad terminal en el páncreas y que solo le quedan unos pocos meses de vida. Sakura explica que la protagonista es la única persona aparte de su familia que conoce su condición. El protagonista promete mantener el secreto de Sakura. A pesar de sus personalidades completamente opuestas, la protagonista decide estar junto a Sakura durante sus últimos meses.
