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La película es secuela de Ia serie de televisión, después de que Kuroko y Kagami pasan a ser estudiantes de segundo año. Un equipo americano de baloncesto callejero (“street basket”) llamado Jabberwock, viaja a Japón para jugar un -partido amistoso con un equipo japonés, pero tras una apabullante derrota del equipo local, los miembros del Jabberwock se mofan del baloncesto japonés. Esto causa el enfado del padre de Riko, que decidirá reunir al equipo titular de la Generación de los Milagros más Kuroko y Kagami. EI equipo se llamará Vorpal Swords, y tendrá que encargarse de realizar un partido de revancha contra Jabberwock
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La historia comienza en medio de manifestaciones para protestar por la fijación de precios en el comercio de agua. Un evento para celebrar la asociación detenida de la empresa de agua del gobierno de la República de Kuzan con Harimadara Heavy Industries. Aramaki, jefe de Sección 9, cierra tiendas y apaga el tráfico en New Port City. La Sección 9 continúa monitoreando la situación y prepararse para las amenazas terroristas. La policía comienza a disparar a los manifestantes, y la Sección 9 trata de llegar a la fuente que inició el caos. Motoko se mueve más en los tiroteos que comienzan en el evento del representante de la industria del agua de Kuzan, Dr. Zhinzhee Bekka Arr Thied, está dando un discurso. Una voz femenina dice:Fire Starter can't be stopped.
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La historia se sitúa en el 2027, un año después del final de la cuarta guerra convencional. New Port City todavía se esta recuperando de las consecuencias de la guerra cuando cae presa de una mina autopropulsada. Debido a esto, un militar conocido por aceptar sobornos del mercado negro fue ejecutado. Batou, un hombre con un "ojo que nunca duerme", sospecha que Kusanagi es la principal sospechosa de dicho atentado. El detective Togusa, miembro de la Comisaría de Niihama investiga la ejecución y la muerte de una prostituta. Primera de las cuatro películas que forman Ghost in the Shell Arise, estrenada en Japón el 22 de junio de 2013.
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Kasahara Iku and Dojo Atsushi receive an emergency recall in the middle of their date as Japan is rocked by a terror attack. Their new duty is a protection detail assigned to Touma Kurato, an author. Meanwhile, the relationship between Librarians and the Media Purity Committee is also worsening. During yet another hostile confrontation, Dojo is seriously wounded. Although Kasahara is badly flustered by this turn of events, Dojo still sees fit to entrust her with Touma's protection.
