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Rikka es la hija mayor de un clan de ninjas que vive en una residencia ninja situada en una ciudad futurista y que admira mucho a su padre, un investigador. Rikka lleva una vida tranquila hasta que de repente su hogar es atacado, y estando entre la espada y la pared, ¿cómo superará la crisis? ¡Acabando con la oscuridad!
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En el día en que Touma Kamijou e Index ven el ascensor espacial de Ciudad Academia, Endymion en la distancia, se encuentran con una chica de nivel 0 con una increíble voz para cantar, Arisa Meigo. Mientras los tres disfrutan de su tiempo juntos después de la escuela, el mago Stiyl Magnus los ataca de repente. Su objetivo: Arisa. Touma se pregunta por qué una chica del lado de la ciencia sería el objetivo de alguien del lado mágico. En el caos del ataque de Stiyl, él le dice a Touma, Index y Arisa que ella podría causar una guerra entre el lado mágico y el lado científico.
