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Japón celebra el inminente comienzo de los 'World Sports Games', el evento deportivo más grande del mundo, que tendrá lugar en Tokyo. La denominada 'Bala Japonesa', un tren de última generación, ha sido creado específicamente para coincidir con el comienzo de la ceremonia de apertura de la WSG. Se prevé que su recorrido empiece en la estación de Shin Nagoya y termine en la estación central de Tokyo a unos 1.000 kilómetros por hora. Sin embargo, un extraño incidente tiene lugar en la fiesta de uno de sus mayores sponsors publicitarios, lo que lleva al rapto de algunos de los ejecutivos más importantes de la compañía. Conan deduce que estos raptos pueden tener algo que ver con los que tuvieron lugar quince años atrás, cuando el WGS se celebró en Boston.
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Un protagonista anónimo encuentra un diario en un hospital. El diario pertenece a su compañera de clase, una niña llamada Sakura Yamauchi, quien se revela que padece una enfermedad terminal en el páncreas y que solo le quedan unos pocos meses de vida. Sakura explica que la protagonista es la única persona aparte de su familia que conoce su condición. El protagonista promete mantener el secreto de Sakura. A pesar de sus personalidades completamente opuestas, la protagonista decide estar junto a Sakura durante sus últimos meses.
