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La Organización Chaldea debe lidiar con el Gran Templo de Salomón, el Rey de la Magia, que ha venido a destruir el mundo.
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10 años después del TFI el mundo del fútbol ha cambiado rotundamente, ya que ahora es controlado por la organización Fifth Sector que lo ha sumergido en tiempos oscuros. El fútbol ya no tiene sentido. Sin embargo un joven que proviene de Okinawa, Arion Sherwind (El nuevo protagonista de la serie) acaba de mudarse a Tokio en donde formará parte del Raimon. Él ama el fútbol y jugará de centrocampista en el Raimon. Su falta de talento al principio es compensado por su optimismo y su busqueda de mejorar cada día, aunque esconde grandes habilidades para regatear. Su llegada marca un nuevo inicio en el Raimon que comienza a recuperar las esperanzas y junto a su nuevo entrenador, Mark Evans, comenzarán esta nueva carrera contrareloj con el objetivo de devolverle el verdadero significado al fútbol.
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Los Sombrero de Paja encuentran un cofre en el que se esconde una anciana con dientes de oro. Les habla sobre una isla mecánica y un legendario tesoro, a lo que el equipo y en especial Nami no se pueden resistir, por lo que deciden lanzarse a la aventura. Una vez en la isla se encuentran con Ratchet, el hijo de la anciana quien creyendo que los piratas habían secuestrado a su madre ataca a los Sombrero de Paja. Una vez aclarado el asunto deciden aliarse para encontrar el tesoro.
