Cuando la explosión de una fábrica hace que el tiempo se detenga en su pequeña ciudad, el joven Masamune y sus amigas se enfrentan a un mundo que se derrumba rápidamente.
As the conflict that began in Magical Girl Lyrical Nanoha: Reflection continues to escalate, Nanoha and her allies soon find out the troubled history between Iris and Yuri, which is related to the tragedy of Eltoria's "Planet Reclamation Committee".
Un slice-of-life (Recuentos de la vida) de batallas el cual esta ubicado en el futuro donde no hay ni Tercera Guerra mundial ni invasiones alien, solo un futuro ordinario después de la era moderna. En este mundo los robots son parte del día a día y contribuyen en varios aspectos de la sociedad. “Shinki” son robots de 15 centímetros de alto hechos para asistir a los humanos. Equipados con inteligencia y emociones, ellos estan devotos a servir a sus amos. Estos Shinki tambien pueden ser equipados con armas y armaduras para luchar entre ellos. Aquellos son llamados “Busou Shinki” (literalmente “princesas divinas armadas”). En particular, el Senki Ann (Arnval), Aines (Altines), y Rane (Altrane) sirven al estudiante de secundaria de nombre Masato.. Las cosas cambian cuando un nuevo Senki, Staarf, se une a ellas.