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Many engineers from around the world gather at the Interpol marine facility "Pacific Buoy" on Hachijo-jima, in the sea south of central Tokyo Prefecture coast, to witness the launch of a new system that connects all law enforcement camera systems around the world and enables facial recognition worldwide. Conan, along with his friends Kogoro, Ran, Agasa, Haibara, and the Detective Boys, also heads to the island with an invitation from Sonoko to see the whales. He receives a message from Subaru, who says that a Europol agent has been murdered in Germany by Gin. Perturbed, Conan sneaks onto the police ship led by Kuroda, which is bringing them to the island to protect the completion work, and tours the new facility, just in time for the Black Organization to kidnap a female engineer, seeking a piece of important data in her USB drive. A terrifying howl of screws is heard from the ocean as an unknown person approaches Haibara.
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La boda de los detectives Sato y Takagi se ve interrumpida por un asalto del que acaba llevándose lo peor este último. Mientras tanto, se produce la fuga de la cárcel de un terrorista, y Rei Furuya se cruza con una misteriosa persona disfrazada que acaba poniéndole un collar explosivo. A medida que Conan y los suyos empiezan a investigar todos los hechos, se convierten en el objetivo de un grupo muy peculiar.
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Roma es un chico que vive en un pueblo rural algo alejado de Tokyo en el que no acaba de encajar. Junto con Toto, otro marginado, forma el grupo “Don Glees”. Ambos esperan que su relación siga siendo la misma aunque se separen cuando Toto se marche a estudiar el bachillerato a Tokyo. “Oíd, ¿os apetece ver el mundo a vista de pájaro?”. Las vacaciones de verano de primer año de bachillerato comienzan con estas palabras por parte de Drop, el nuevo miembro de “Don Glees”. Como resultado de estas palabras, Roma y sus amigos se ven obligados a buscar un dron desaparecido para probar su inocencia cuando son acusados de provocar un incendio forestal. La pequeña aventura veraniega no tarda en convertirse en una gran aventura que cambiará sus vidas para siempre.
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Japón celebra el inminente comienzo de los 'World Sports Games', el evento deportivo más grande del mundo, que tendrá lugar en Tokyo. La denominada 'Bala Japonesa', un tren de última generación, ha sido creado específicamente para coincidir con el comienzo de la ceremonia de apertura de la WSG. Se prevé que su recorrido empiece en la estación de Shin Nagoya y termine en la estación central de Tokyo a unos 1.000 kilómetros por hora. Sin embargo, un extraño incidente tiene lugar en la fiesta de uno de sus mayores sponsors publicitarios, lo que lleva al rapto de algunos de los ejecutivos más importantes de la compañía. Conan deduce que estos raptos pueden tener algo que ver con los que tuvieron lugar quince años atrás, cuando el WGS se celebró en Boston.
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Cuando murieron sus padres hace 13 años, Akane se quedó en su pueblo natal para cuidar de su hermana pequeña Aoi. Para aliviar la carga que supone para Akane cuidarla sola, Aoi quiere mudarse a Tokio tras graduarse e iniciar allí su carrera musical, inspirada por el antiguo novio de Akane, Shinnosuke "Shinno" Kanamuro. Shinno formaba parte de una banda hasta que se mudó a Tokyo siguiendo su sueño de convertirse en guitarrista profesional. Una tarde, mientras Aoi practica con su bajo en una antigua casa de huéspedes, se sorprende al encontrarse con el Shinno de hace 13 años, al mismo tiempo que su versión actual llega a la ciudad como miembro de la banda de un cantante de enka que ha sido invitado para actuar en un festival musical.
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La historia sigue a Akane, una chica sin confianza en sí misma. El día antes de su cumpleaños, se encuentra con un misterioso alquimista Hipócrates y su estudiante Pipo, quienes le dicen que están en una misión para salvar el mundo. Juntos, salieron del sótano a "Wonderland", y Akane se encuentra a sí misma con la etiqueta de salvadora de Wonderland
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Los Siete Pecados Capitales viajan a una tierra remota en busca del ingrediente fantasma “Pez de Cielo”. Meliodas y Hawk terminan en Sky Palace que existe sobre las nubes, donde todos los residentes tienen alas. Meliodas es confundido con un chico que cometió un crimen y es arrojado a la cárcel. Mientras tanto, los residentes están preparando la de defensa contra una bestia feroz que se despierta una vez cada 3.000 años. Pero los Seis Caballeros de Negro, un ejército del Clan Demonio, llegan y quitan el sello a la bestia antes que los residentes de Sky Palace puedan prepararse.
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Durante una oscura noche, una espía irrumpe en la jefatura de policía y accede a los archivos secretos sobre espías de varias agencias especiales de inteligencia infiltrados en la Organización de los Hombres de Negro. Agencias como el MI6 de Inglaterra, el Servicio Federal de Inteligencia de Alemania (BDN), el Servicio Secreto de Inteligencia Canadiense (CSIS), la CIA de los Estados Unidos y mismísimo FBI se ven amenazadas por el robo de estos archivos secretos. Antes de que se realice el robo, los oficiales de la seguridad pública, dirigidos por Tooru Amuro, llegan justo a tiempo para detener a la responsable. La espía logra huir pero Amuro, con la ayuda del agente del FBI Shuichi Akai, logran abatirla durante la persecución.
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Conan Edogawa se propone aprehender a Lupin III, sospechoso de robar una valiosa joya.
