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Many engineers from around the world gather at the Interpol marine facility "Pacific Buoy" on Hachijo-jima, in the sea south of central Tokyo Prefecture coast, to witness the launch of a new system that connects all law enforcement camera systems around the world and enables facial recognition worldwide. Conan, along with his friends Kogoro, Ran, Agasa, Haibara, and the Detective Boys, also heads to the island with an invitation from Sonoko to see the whales. He receives a message from Subaru, who says that a Europol agent has been murdered in Germany by Gin. Perturbed, Conan sneaks onto the police ship led by Kuroda, which is bringing them to the island to protect the completion work, and tours the new facility, just in time for the Black Organization to kidnap a female engineer, seeking a piece of important data in her USB drive. A terrifying howl of screws is heard from the ocean as an unknown person approaches Haibara.
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La boda de los detectives Sato y Takagi se ve interrumpida por un asalto del que acaba llevándose lo peor este último. Mientras tanto, se produce la fuga de la cárcel de un terrorista, y Rei Furuya se cruza con una misteriosa persona disfrazada que acaba poniéndole un collar explosivo. A medida que Conan y los suyos empiezan a investigar todos los hechos, se convierten en el objetivo de un grupo muy peculiar.
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Japón celebra el inminente comienzo de los 'World Sports Games', el evento deportivo más grande del mundo, que tendrá lugar en Tokyo. La denominada 'Bala Japonesa', un tren de última generación, ha sido creado específicamente para coincidir con el comienzo de la ceremonia de apertura de la WSG. Se prevé que su recorrido empiece en la estación de Shin Nagoya y termine en la estación central de Tokyo a unos 1.000 kilómetros por hora. Sin embargo, un extraño incidente tiene lugar en la fiesta de uno de sus mayores sponsors publicitarios, lo que lleva al rapto de algunos de los ejecutivos más importantes de la compañía. Conan deduce que estos raptos pueden tener algo que ver con los que tuvieron lugar quince años atrás, cuando el WGS se celebró en Boston.
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Conan viaja a Singapur, concretamente a la famosa Marina Bay Sands, escenario en el que se ha producido un cruento asesinato. La investigación parece girar en torno a una gema legendaria conocida como 'Zafiro Azul', que lleva sumergido en el océano desde finales del siglo XIX. Makoto Kyôgoku ayudará al joven detective a detener a Kaitō Kid, quien quiere robar la tan preciada joya.
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Desde la desaparición del emperador más malvado de Britannia, hace un año, el mundo ha disfrutado de una paz sin precedentes bajo la dirección de la Unión Federativa de Naciones. Sin embargo, esta calma se termina abruptamente cuando los militantes armados secuestran a la ex princesa Nunnally vi Britannia y Suzaku Kururugi, el asesor principal de los Caballeros Negros, lo que desencadena una crisis internacional. El poderoso y poco confiable Reino de Zilkhstan es acusado de orquestar su captura. Para investigar a fondo los hechos, las autoridades mundiales envían a Kallen Stadtfeld y sus asociados en una operación encubierta al país. Allí, se encuentran con la bruja inmortal C.C., quien se encuentra en una misión para completar la resurrección del hombre responsable de la mayor revolución de la historia: una leyenda que se levantará, tomará el mando y buscará salvar al mundo del peligro una vez más.
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El 'Edge of Ocean' será la nueva sede de la cumbre de Tokyo, custodiada por más de 22.000 policías, ¡ocurre una gran explosión! Allí se encuentra Tooru Amuro, miembro de la organización secreta conocida como 'Zero' que controla la policía de seguridad pública de todo el país. Conan sospecha de una explosión ocurrida días antes de la cumbre y del misterioso comportamiento de Amuro, que se mueve en secreto. En ese momento se encuentran unas huellas digitales en la escena del crimen y coinciden con las huellas de Kogoro Mouri, ¡quien perteneció a la policía en el pasado! ¿Acaso se trata de una conspiración? Conan y Amuro inician la investigación alrededor del arresto de Kogoro.
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Una bomba ha estallado en la central de Nichiuri TV, símbolo de Osaka. Dentro de las instalaciones, se estaba rodando la final de la Copa Satsuki, de la que se conocería al ganador de Hyakunin Isshu de Japón. La situación es complicada, el edificio se está derrumbando y, en el interior, tan solo quedan el detective juvenil del oeste, Heiji Hattori y su amiga de la infancia, Kazuha Toyama.
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Mientras W-0 está fuera, Leila y el resto de la tripulación en la base se encuentran rodeados por Britannian Knightmares. Pilotando el Vercingetorix, Shin Hyuuga lidera la carga enemiga, habiendo usurpado la posición de Gran Maestro en los Caballeros de San Miguel. Con sus miembros principales no disponibles, Leila debe proteger a sus camaradas, pero esto puede ser mucho más difícil de lo que ella cree: un espía que acecha entre ellos finalmente está listo para revelarse. Sin más remedio que rendirse, Leila organiza una reunión con Shin para garantizar la seguridad de su escuadrón. Pero a medida que las negociaciones comienzan a desmoronarse, Akito y un aliado inesperado regresan justo a tiempo para cambiar las cosas.
