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Cuando Sakura es poseída por la sombra, Shirou arriesga su propio cuerpo y mente para salvarla deteniendo el Santo Grial contaminado, enfrentándose a su ahora corrompido Servant Saber en el proceso. Aliados con el sacerdote rebelde Kirei Kotomine, su compañero competidor Illyasviel von Einzbern y el servant Rider desplazado de Sakura, Shirou y Rin entran en una carrera contrarreloj para rescatar a Sakura de la locura y poner fin a la Guerra del Santo Grial de una vez por todas, antes de que el Grial corrupto pueda provocar. El fin del mundo.
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A pesar de haber perdido la guerra y Saber, Shirou se ve incapaz de dejar de participar en la Guerra del Santo Grial. Cuando se revela que Sakura es una Maestra en la Guerra del Santo Grial, Shirou siempre está decidida a mantenerla a salvo. Cuando Sakura comienza a sucumbir a su misteriosa enfermedad, y la misteriosa sombra sigue matando gente, Shirou y Rin están decididos a terminar la Guerra del Santo Grial.
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La Guerra del Santo Grial: una batalla violenta entre magos en la que siete amos y sus sirvientes convocados luchan por el Santo Grial, un artefacto mágico que puede otorgarle al vencedor cualquier deseo. Hace casi 10 años, la batalla final de la Cuarta Guerra del Santo Grial causó estragos en la ciudad de Fuyuki y se cobró más de 500 vidas, dejando la ciudad devastada. Shirou Emiya, un sobreviviente de esta tragedia, aspira a convertirse en un héroe de la justicia como su salvador y padre adoptivo, Kiritsugu Emiya. A pesar de ser solo un estudiante, Shirou es arrojado a la Quinta Guerra del Santo Grial cuando accidentalmente ve una batalla entre sirvientes en la escuela y convoca a su propio servidor, Saber. Cuando una sombra misteriosa comienza una juerga asesina en la ciudad de Fuyuki, Shirou se alinea con Rin Toosaka, un compañero participante en la Guerra del Santo Grial, para detener las muertes de innumerables personas
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La destrucción del mundo avanza. Lo único que puede detenerlo es el sacrificio de Miyu que es digno del Grial. Cuando Ainsworth le pregunta a Illya, la que lleva el título de salvadora del mundo, qué salvará entre el mundo y Miyu, ella elige la respuesta simple y egoísta de 'ambos'. En un respiro de la lucha, todos descansan en la casa de la que se encargaron Miyu y Shirō. Cuando se reúnen en un círculo, Shirō les cuenta sobre él y Miyu. Ella era la Hija de Dios que concedía todos y cada uno de los deseos. Shirō acogió a la chica que no tenía a nadie más en la casa que había compartido con Kiritsugu. Han pasado cinco años desde entonces, y ahora han vivido en paz como hermanos. Pero esa pacífica vida cotidiana ahora se ha hecho añicos. La llevarán de regreso, pero antes de eso, Julian hace su aparición, aún buscando en Miyu el milagro que necesita.