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2199 AD. Yamato tried to leave behind the Large Magellanic Cloud galaxy, after receiving a "Cosmo Reverse System" at its destination, Iscandar. However, suddenly, it encounters a mysterious group at the edge of the Large Magellanic Cloud. The crew finds out that the group is called the "Gatlantis," and that its leader is the Gutaba expeditionary force commander who calls himself "Goran Dagaamu of Thunder." The commander demands that Yamato be handed over to him. Yamato, wanting to hurry to Earth, escapes the fray. However, Yamato is attacked by a devastating beam weapon called the "Flame Direct Attack Cannon" that can transcend space.
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Los Sombrero de Paja encuentran un cofre en el que se esconde una anciana con dientes de oro. Les habla sobre una isla mecánica y un legendario tesoro, a lo que el equipo y en especial Nami no se pueden resistir, por lo que deciden lanzarse a la aventura. Una vez en la isla se encuentran con Ratchet, el hijo de la anciana quien creyendo que los piratas habían secuestrado a su madre ataca a los Sombrero de Paja. Una vez aclarado el asunto deciden aliarse para encontrar el tesoro.
