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La película comienza con una introducción de Kokuto Azaka sobre quién es ella y cómo planea ganarse a Mikiya como su amante a pesar de la presencia de una mujer peligrosa llamada Ryogi Shiki. Posteriormente, Shiki es enviada a la escuela de Azaka, la Academia Reien, durante las vacaciones de invierno para ayudar a investigar una serie de informes de hadas que roban los recuerdos del estudiante y un intento de suicidio sospechoso de Kaori. Los dos chocan de inmediato ya que Azaka está enamorada de su hermano (Mikiya) y considera a Shiki un rival amoroso. Mientras camina por la escuela, Shiki se da cuenta de un hada y la persigue. Azaka, que no puede ver a las hadas, se queda sola y es atacada por una persona desconocida y le roban la memoria, y se despierta por la noche sin recordar lo ocurrido. Descubren que el mago que usa las hadas está tratando de borrar los recuerdos de todos sobre el intento de suicidio de Kaori, pero la escuela tiene un registro escrito de la investigación.
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En medio de la noche, Tomoe Enjō mata a sus padres a puñaladas en un ataque de ira, antes de escapar de su apartamento presa del pánico. No mucho después, un ladrón sin hogar encuentra sus cuerpos, pero cuando regresa con la policía, para su sorpresa, los encuentra siendo recibidos por los residentes en perfecto estado de salud. Algún tiempo después, Shiki ayuda a defenderse de algunos matones de la escuela que estaban atacando a Tomoe. Aparentemente tomado por la presencia de Shiki, rápidamente le pide que lo ayude a esconderlo, afirmando extasiado que es un asesino. Shiki está de acuerdo y simplemente cita que ella 'es igual que él' cuando se sorprende por su fácil aceptación de su estado.
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Después de los eventos de la segunda entrega, A Study in Murder, Part 1, Shiki es trasladada de urgencia al hospital por las causas reveladas en la séptima entrega, A Study in Murder, Part 2. Esta parte de la serie trata sobre las experiencias de Shiki en el vacío con su contraparte masculina, SHIKI, y la capacidad resultante de 'percibir' y 'tocar' la 'muerte' de las cosas en forma de grietas que corrían dondequiera que mirara. Muestra cómo se conocieron Toko, el empleador de Mikiya, y Shiki mientras ella le aconseja sobre los 'Ojos místicos de la percepción de la muerte'. También da una idea de cómo Mikiya vivió dos años de su vida mientras Shiki estaba en coma.
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Los mafiosos violan a una adolescente, Fujino Asagami, en un bar abandonado. Mikiya Kokutō la encuentra inconsciente y la lleva a su apartamento. Cuando Mikiya se despierta a la mañana siguiente, se da cuenta de que Fujino ya se ha ido. Las noticias informan sobre varias víctimas de asesinato desmembradas en un bar abandonado. Más tarde, en Garan no Dou, Tōko habla con Shiki Ryōgi sobre los asesinatos recientes y le pide que capture a un sospechoso para un cliente. Shiki, segura de que reconocerá al sospechoso a la vista, se va sin leer el expediente del sospechoso. Mientras tanto, Mikiya le pide dinero a su amigo Gakutō. Gakutō acepta con la condición de que Mikiya lo ayude a encontrar un amigo en común, Keita Minato.
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En 1995, Mikiya Kokutō se encuentra brevemente con una chica llamada Shiki Ryōgi mientras caminaba hacia su casa. Más tarde, en su escuela secundaria, Mikiya reconoce a Shiki entre la multitud. Él se presenta a ella. Si bien Shiki aparentemente ha olvidado su reunión anterior y se comporta de manera significativamente diferente, los dos se hacen amigos. Algún tiempo después, por la noche, Shiki sale de su casa para pasear por la ciudad de Mifune. Encuentra el cadáver de una víctima de accidente de tráfico y aplica su sangre en sus labios, aparentemente en trance.
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Nota: los eventos de la película se presentan al espectador en formato no lineal. Esta sección describe los eventos en orden cronológico. En septiembre de 1998, la taciturna Shiki Ryōgi vive sola en un apartamento apenas amueblado donde suele visitarla un amigo cercano, Mikiya Kokutō. Un día, él la visita y le ofrece a Shiki helado Haagen-Dazs con sabor a fresa. Los dos se involucran en bromas amistosas. Más tarde, Shiki habla sobre una serie de suicidios que involucran a varias chicas de secundaria con el mago Tōko Aozaki, director de Garan no Dou (伽藍 の堂, Hollow Shrine), una agencia de detectives (de la cual Shiki y Mikiya son empleados) que se especializa en sucesos paranormales.
