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Un antiguo soldado y una niña pequeña tratan de sobrevivir en medio del conflicto entre dos poderosos imperios asolados por una misteriosa plaga.
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Tras la rebelión de Char, Hathaway Noa lidera otra contra la Federación de la Tierra. Pero su destino cambia después de conocer a un enemigo y a una misteriosa mujer.
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La acción transcurre en un plano temporal futurista, en el año 2144 aproximadamente, donde la Tierra ha sido devastada por unos seres llamados Festum desde el año 2114. Por ciertos eventos causados por estos seres los japoneses perdieron su fertilidad y fueron prácticamente borrados del mapa. Los supervivientes se encuentran ahora en una remota isla japonesa llamada Tatsumiya. La gente ha logrado sobrevivir escondiéndose de los Festums usando la más avanzada tecnología. Es el último paraíso en la Tierra. Lo más sorprendente de esta isla es que es todo un continente flotante. Al fin, los Festums descubren la isla y comienzan a atacar. Aún así, los humanos no estaban desprevenidos. Tras activar los escudos de energía que protegen la isla, mandan a un joven piloto, Kazuki Makabe (???? Makabe Kazuki), a luchar contra los Festums usando un robot gigante llamado Fafner.
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Una serie de asesinatos destruye la vida de antiguos miembros de una academia de música dirigida por un famoso pianista. Conan y compañía son invitados a la apertura del salón de conciertos en honor a ese pianista. La característica principal del concierto son los tonos de 'Bach trembled', un tipo de música tocada con el Órgano de pipa, el famoso violín 'Stradivarius', y la voz perfecta de una vocalista. Sin embargo, comienzan a suceder muchos incidentes sospechosos antes del concierto.
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Kogoro y Conan viajan a Yokohama por la solicitud de un cliente desconocido, pero caen en una trampa, y Ran y los Detectives Junior son tomados como rehenes. Si no resuelven el caso en el plazo de doce horas, las bombas vinculadas a los rehenes estallarán. Además el captor sabe que Conan es Shinichi Kudo y se unen al conflicto Kaito Kid y Hattori Heiji. ¿Podrán solucionar el misterio dentro del plazo?
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Tras ganar el campeonato nacional, Lisa, Lorna y Soichi pasan a la competición mundial de ex-Driver, como equipo representante de Japón, que se celebra en Los Angeles. Como si de un mal presagio se tratase, se topan con un coche con el sistema de IA estropeado, aunque logran detenerlo. Sin embargo, la policía no está nada conforme con lo ocurrido e insiste en examinar su coche esa misma noche. El problema no acaba aquí: La hija del sponsor del equipo estadounidense, Ángela, ha desaparecido. Lorna descubre que Ángela estuvo en aquel coche estropeado. Soichi intuye que Ángela puede estar en peligro y comienza a buscarla pero es capturado por un misterioso hombre que también retiene a Ángela. Mientras está confinado dentro de un almacén, Soichi descubre que, aparentemente, hay una conexión entre esa serie de incidentes y las apuestas ilegales que tienen lugar en la competición de ex-Driver. Ahora Soichi deberá escapar de allí con Ángela...
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Z.O.E. 2167 Ídolo se desarrolla 5 años antes que el juego de PlayStation 2 "Zone of the Enders", y se centra en el incidende Deimos, una acción terrorista de los Revolucionarios de Marte. Durante el incidente, los rebledes atacan la base de las Fuerzas Espaciales de Naciones unidas en la luna marciana de Deimos y roban un prototipo de armadura orbital, el cual lleva el nombre de Ídolo
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Las oficiales Tsujimoto y Kobayakawa se transfieren de nuevo a la estación de Policía Bokuto después de haber trabajado en otros departamentos. Poco después el descubrimiento de contrabando de armas de fuego y la recuperación de un disco magnético anuncian nuevos problemas para la estación Bokuto, ya que Jefe se encuentra encarcelado por guardar silencio sobre "Número Bee One", desarrollado por el detective Emoto, que desapareció hace dos años.