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Takagi y Nishikata están en su último año de secundaria y tienen ansiedad y esperanza para el futuro. Durante el verano de su último año, el día antes de que comiencen las vacaciones de verano, los dos encuentran una gatita a la que llaman Hana. Deciden cuidar del gatito ellos mismos hasta que puedan encontrar a su madre.
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Takashi Natsume continúa devolviendo los nombres de los espíritus que se han escrito en el "Libro de los Amigos" que heredó de su abuela, Reiko Natsume. Mientras navega entre humanos y youkai con su amigo, mascota y guardaespaldas Nyanko-sensei, Natsume se reúne casualmente con un viejo compañero de clase, Daisuke Yuuki. Este reecuentro le trae recuerdos dolorosos de un youkai de su pasado. Mientras tanto, Natsume también se familiariza con Yorie Tsumura, una mujer que conocía a Reiko y que estaba en los recuerdos de un youkai cuyo nombre había regresado. Yorie ahora vive una vida pacífica con su único hijo, Mukuo. Pasar tiempo con esta familia consuela a Natsume, pero un misterioso youkai ha estado al acecho en su ciudad. En el camino de regreso de la investigación con Natsume, Nyanko-sensei termina metiéndose en problemas de los que solo Natsume y sus amigos, ya sean youkai o humanos, pueden ayudarlo a salir.
