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Kasahara Iku and Dojo Atsushi receive an emergency recall in the middle of their date as Japan is rocked by a terror attack. Their new duty is a protection detail assigned to Touma Kurato, an author. Meanwhile, the relationship between Librarians and the Media Purity Committee is also worsening. During yet another hostile confrontation, Dojo is seriously wounded. Although Kasahara is badly flustered by this turn of events, Dojo still sees fit to entrust her with Touma's protection.
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Tokyo, invierno. A raíz de la aplicación de la Ley de Protección de la Juventud, los menores tienen prohibido circular por las calles después de las nueve de la noche y el uso de internet está regulado. Sin embargo, un grupo llamado Sirrut sigue luchando por la libertad de los más jóvenes. Sus indagaciones les llevan hasta Tower, una misteriosa organización que supuestamente lleva a cabo experimentos con seres humanos en los que hay gente que es devorada.
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La historia empieza cuando el Alcalde de Macca contrata a varios caza-recompensas con el fin de proteger su pueblo de un famoso ladrón llamado Gasbag. De visita en el pueblo, Meryl y Milly se vuelven a encontrar con Vash, pero antes de un feliz reencuentro, la banda de Gasbag entra a Macca aunque se topará con Vash en su camino. Película basada en el manga original, si bien cuenta una historia completamente nueva que tampoco se narró en el anime.
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El pasado de Rukia que ahora es revelado. La "verdad" que está encerrada dentro del recuerdo de la oscuridad. Alguien con un objeto parecido a una hoz ha atacado a Mayuri, quien estaba en su laboratorio. Mayuri, quien de repente perdió el control, golpeó su tablero de control de su laboratorio. Entonces, de pronto el Sereitei estaba cubierto por una nube de reiatsu y atrapó a los shinigamis dentro de una fortaleza. Cuando Kenpachi entra corriendo al laboratorio de Mayuri hubo una enorme explosión de reiatsu que destruyó al Seireitei. Observando la destrucción del Seireitei desde lejos, una sombra aparece frente a Rukia, quien estaba impresionada por el repentino incidente. La hoz se dirige hacia ella y algo en Rukia desaparece. Al mismo tiempo Ichigo siente peligro y va hacia la tienda de Urahara. Ahí escucha de Urahara sobre "la aniquilación del Seireitei" y se dirige a la Sociedad de Almas junto a Kon.