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Gracias a la Fuerza Marítima se celebra una visita a la nave Aegis en el puerto de Kyoto. Conan, Ran, Kogoro y la Liga Juvenil disfrutan de un viaje con la última tecnología desarrollada. Sin embargo, suenan las alarmas y se vive una atmósfera extraña dentro de la nave. ¡No pasa mucho tiempo hasta que se encuentra un cadáver sin brazo izquierdo! ¡Y el cadáver es de uno de los oficiales de la marina! Conan descubre que está a bordo el espía 'X'. ¿Quién es? ¿Cuál es su relación con el barco? ¡Dentro del basrco se esconde un gran secreto que supera la imaginación y hará temblar a todo Japón!
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Kogoro y Conan viajan a Yokohama por la solicitud de un cliente desconocido, pero caen en una trampa, y Ran y los Detectives Junior son tomados como rehenes. Si no resuelven el caso en el plazo de doce horas, las bombas vinculadas a los rehenes estallarán. Además el captor sabe que Conan es Shinichi Kudo y se unen al conflicto Kaito Kid y Hattori Heiji. ¿Podrán solucionar el misterio dentro del plazo?
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Kaitou Kid envía una advertencia a Miss Judie diciendo que quiere robarle su preciado anillo. Judie le pide ayuda a Kogoro Mouri y cuando él, Ran, Sonoko, Conan, Ai, Agasa y los Jóvenes Detectives van a visitarla al teatro coinciden con el inspector Nakamori, quien no no viene solo: ¡Shinichi le acompaña! Conan sabe que Shinichi es Kaitou Kid disfrazado, pero nada puede hacer al respecto. Después, todos abordan un avión y vuelan a Sapporo. Judie los invita para agradecerles por proteger el anillo. Judie visita a los pilotos, y cuando vuelve cae muerta. Ha sido envenenada. De repente, los pilotos también han sido envenenados, así que tienen que aterrizar el avión ellos mismos. Y Kid parece estar también entre los pasajeros ¿Podrá Conan atrapar a Kid y salvarlos de estrellarse?
