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La acción transcurre en un plano temporal futurista, en el año 2144 aproximadamente, donde la Tierra ha sido devastada por unos seres llamados Festum desde el año 2114. Por ciertos eventos causados por estos seres los japoneses perdieron su fertilidad y fueron prácticamente borrados del mapa. Los supervivientes se encuentran ahora en una remota isla japonesa llamada Tatsumiya. La gente ha logrado sobrevivir escondiéndose de los Festums usando la más avanzada tecnología. Es el último paraíso en la Tierra. Lo más sorprendente de esta isla es que es todo un continente flotante. Al fin, los Festums descubren la isla y comienzan a atacar. Aún así, los humanos no estaban desprevenidos. Tras activar los escudos de energía que protegen la isla, mandan a un joven piloto, Kazuki Makabe (???? Makabe Kazuki), a luchar contra los Festums usando un robot gigante llamado Fafner.
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Kogoro y Conan viajan a Yokohama por la solicitud de un cliente desconocido, pero caen en una trampa, y Ran y los Detectives Junior son tomados como rehenes. Si no resuelven el caso en el plazo de doce horas, las bombas vinculadas a los rehenes estallarán. Además el captor sabe que Conan es Shinichi Kudo y se unen al conflicto Kaito Kid y Hattori Heiji. ¿Podrán solucionar el misterio dentro del plazo?
