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Un momento de descanso de la feroz batalla con Ainsworth. Ilya y los demás que rescataron a Miyu son informados por Shiro Emiya del mundo paralelo sobre el pasado de Miyu y la Guerra de la Copa Sagrada que ocurrió en este mundo. Era el triste destino de Miyu, y era la historia de una feroz batalla que su hermano Shiro libró por la vida de Miyu. Ainsworth sacrifica a Miyu para salvar a la humanidad. Shiro decide convertirse en el enemigo del mundo para Miyu. Ilya promete proteger todo en dos justicias en conflicto. 'Ayudaré. ¡Decidí encontrar una manera de ayudar a todos!' Para crear un mañana en el que puedas reír con tus seres queridos―.. ¡La batalla de las chicas mágicas comienza de nuevo...!
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En Fujisawa, donde los cielos son brillantes y los mares brillan, Sakuta Azusagawa está en su segundo año de secundaria. Sus días felices con su novia y estudiante de último año, Mai Sakurajima, se ven interrumpidos con la aparición de su primer amor, Shouko Makinohara. Por razones desconocidas, se encuentra con dos Shouko: una en la escuela secundaria y otra que se ha convertido en una adulta. Cuando Sakuta se encuentra impotente viviendo con las dos Shouko, la versión adulta causa una gran grieta en su relación con Mai. En medio de todo esto, descubre que la otra Shouko de escuela secundaria sufre de una enfermedad grave y su cicatriz comienza a latir ...