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Tokyo, invierno. A raíz de la aplicación de la Ley de Protección de la Juventud, los menores tienen prohibido circular por las calles después de las nueve de la noche y el uso de internet está regulado. Sin embargo, un grupo llamado Sirrut sigue luchando por la libertad de los más jóvenes. Sus indagaciones les llevan hasta Tower, una misteriosa organización que supuestamente lleva a cabo experimentos con seres humanos en los que hay gente que es devorada.
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Desde la muerte de su ama Xian, Palme - un robot hecho de una madera mística que se dice absorbe la memoria de las civilizaciones en las que echa raices - ha estado durmiendo, sin razón para vivir. Un día, se despierta ante la presencia de una guerrera herida llamada Koram, a quien confunde con Xian. Koram, se ve forzada a confiarle su misión de llevar el Huevo de Touto, un artefacto misterioso, a Tamas, el mundo de abajo. Durante la jornada, Palme se encuentra con Popo, una chica de la que eventualmente se enamora. Con la determinación que da tener un proyecto en la vida, y tras aprender la importancia del artefacto que porta, Palme decide completar su misión y cambiar el artefacto con el árbol de la vida por su humanidad. Pero las cosas no salen como se esperaban...
