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En las montañas de Ararat, Turquía, donde según la Biblia cayó el arca de Noé, un grupo de investigadores deja de dar señales de vida. Se trata de una patrulla de Arcam, una organización ocupada de buscar los enigmas de antiguas civilizaciones extinguidas, y cuyos miembros se hacen llamar ´Spriggan´. Paralelamente, una poderosa fuerza magnética surge de la montaña provocando la desaprición de tres satélites militares estadounidenses. En Japón, seis meses más tarde, el Spriggan Yu Ominae recibe un anónimo mensaje - bomba con el texto: "Noé será tu tumba". Rápidamente se dirige a la Delegación Japonesa de Arcam, donde junto a un nuevo mensaje "Tu hora se aproxima" encuentra una foto de los cuerpos de los investigadores de Ararat con muestras de haber sido víctimas de un ataque.
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Yakumo, el rey del infierno, ordena el diluvio en el mundo espiritual y planea apoderarse del mundo humano. Para ello necesita el poder de una gema diabólica que se mantiene oculta por disposición de Botan. Si se apodera de ella, la energía latente en su interior será suficiente para hacer desaparecer definitivamente el mundo espiritual.
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U.C. 0083 - Three years after the end of the catastrophic One Year War, peace on Earth and the colonies is shattered by the presence of the Delaz Fleet, a rogue Zeon military group loyal to the ideals of the late dictator Gihren Zabi. Delaz Fleet's ace pilot Anavel Gato, once hailed as "The Nightmare of Solomon", infiltrates the Federation's Torrington base in Australia and steals the nuclear-armed Gundam GP02A "Physalis" prototype. Rookie pilot Kou Uraki - with the aid of Anaheim Electronics engineer Nina Purpleton and the crew of the carrier Albion - pilots the Gundam GP01 "Zephyranthes" prototype in an attempt to recover the stolen Gundam unit and prevent another war from breaking out.
