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Many engineers from around the world gather at the Interpol marine facility "Pacific Buoy" on Hachijo-jima, in the sea south of central Tokyo Prefecture coast, to witness the launch of a new system that connects all law enforcement camera systems around the world and enables facial recognition worldwide. Conan, along with his friends Kogoro, Ran, Agasa, Haibara, and the Detective Boys, also heads to the island with an invitation from Sonoko to see the whales. He receives a message from Subaru, who says that a Europol agent has been murdered in Germany by Gin. Perturbed, Conan sneaks onto the police ship led by Kuroda, which is bringing them to the island to protect the completion work, and tours the new facility, just in time for the Black Organization to kidnap a female engineer, seeking a piece of important data in her USB drive. A terrifying howl of screws is heard from the ocean as an unknown person approaches Haibara.
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La mega corporación "Grupo Daedalus" está bajo los ataques un de pequeño grupo de activistas conocidos como Los Fantasmas de Icarus. Mientras están cuidando de algunos de las víctimas del bombardeo, Black Jack se encuentra con el doctor Kiriko, también conocido como La Encarnación del Mal, quien, al igual que él, le pide a sus pacientes grandes sumas de dinero, pero en lugar de salvarles, les ofrece una muerte sin dolor. Cuando el grupo activista solicita la colaboración de ambos doctores, Black Jack se encuentra atrapado en una espiral de vida, muerte y traición, mientras intenta salva la vida de sus pacientes, y evitando una guerra biológica que podría destruir la humanidad.
