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La historia comienza en medio de manifestaciones para protestar por la fijación de precios en el comercio de agua. Un evento para celebrar la asociación detenida de la empresa de agua del gobierno de la República de Kuzan con Harimadara Heavy Industries. Aramaki, jefe de Sección 9, cierra tiendas y apaga el tráfico en New Port City. La Sección 9 continúa monitoreando la situación y prepararse para las amenazas terroristas. La policía comienza a disparar a los manifestantes, y la Sección 9 trata de llegar a la fuente que inició el caos. Motoko se mueve más en los tiroteos que comienzan en el evento del representante de la industria del agua de Kuzan, Dr. Zhinzhee Bekka Arr Thied, está dando un discurso. Una voz femenina dice:Fire Starter can't be stopped.
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Haciéndose pasar por los amantes de vacaciones, Motoko y Batou trabajan para tratar de detener una organización terrorista cuyo símbolo es el Scrasath. Mientras tanto, Togusa investiga un asesinato de un hombre que poseía una pierna protésica fabricado por la corporación de la pierna de la sirena.
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Kasahara Iku and Dojo Atsushi receive an emergency recall in the middle of their date as Japan is rocked by a terror attack. Their new duty is a protection detail assigned to Touma Kurato, an author. Meanwhile, the relationship between Librarians and the Media Purity Committee is also worsening. During yet another hostile confrontation, Dojo is seriously wounded. Although Kasahara is badly flustered by this turn of events, Dojo still sees fit to entrust her with Touma's protection.
