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Tras quedar separada de sus compañeras cuando su colmena es atacada por sorpresa por un grupo de avispones, la pequeña abeja Hutch se embarca solo en una fantástica aventura en busca de su madre, la Abeja Reina. En su viaje, la pequeña abeja hace amistad con toda clase de estraños insectos como la oruga Kunekane o el escarabajo pelotero Poncho que le ayudarán a salir adelante en un ambiente a menudo hostil. Además, al llegar al pueblo de Sepiatown conoce a Amy, una niña humana de buen corazón que toca la harmónica en soledad y que es capaz de comunicarse con los insectos. Tras salvarla de la mantis religiosa Kamakichi, Amy se hace amiga de Hutch y le promete que le ayudará a encontrar a su madre.
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Conan viaja a la isla Koumi junto a Kogoro, Ran, Sonoko, Agasa y la Liga de Detectives Juveniles. Un misterio lleva a los niños a ir resolviendo un mapa del tesoro mientras que Ran y Sonoko hacen buceo. Finalmente la historia de dos mujeres piratas y su barco escondido se entrelazarán y darán mucho juego en una aventura increíble. Ran se vera envuelta en un problema que Conan deberá resolver.
