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Takuya Kanbara, Koji Minamoto, J.P. Shibayama, Zoe Orimoto, Tommy Himi, Bokomon, Neemon ride a Trailmon (Ball) through a desert when they get caught in a battle between human and beast Digimon. It is interrupted by the Lost Island, an island trapped between dimensions, crashing down between them and scooping all involved up.
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Six months after the D-Reaper was destroyed, the Tamers are planning to throw Rika a surprise party, but Rika finds out. Suddenly a train-Digimon named Locomon begins to race around the tracks, causing havoc. The Tamers respond to this, as Takato digivolves Guilmon into Growlmon to stop the train Digimon but fails as Takato, Rika and Renamon get on it in an attempt to slow it down. The others, excluding Suzie, use a freight train to catch up with Locomon
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Mientras los protagonistas vacacionan se libera una gran amenaza. Una mascota virtual muy popular está esparciendo un nuevo tipo de digimon capaz de ocasionar estragos en la civilización. El prototipo original de esa mascota virtual despierta en la realidad como una criatura legendaria que ayuda a los protagonistas en la batalla, ya que además su programación está ligada a una niña que les acompaña, la hija del creador.
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"La película" de Digimon que se vio en todo el mundo en realidad está formada por 3 películas inconexas, ésta es secuela de la del medio, en la que el villano es Diaboromon. Diaboromon reaparece en internet formado de los vestigios de su ataque anterior. Entonces planea atraer hacia su morada a Omegamon, llamando la atención de sus dueños, Tai y Mat, al dispersar una invasión de kuramon (El estado inicial de Diaboromon) que hacen circular datos privados de ellos. Diaboromon planea dejar encerrados en internet a Omegamon y los demás, para dar un gran golpe en el mundo real, a través de los kuramon.(FILMAFFINITY)
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Años después de que un joven en Estados Unidos pierde a uno de sus amigos Digimon, un malvado Digimon viral secuestra con éxito a los Niños Elegidos originales. Sus amigos más jóvenes deben competir contra el tiempo con sus socios Digimon para descubrir la fuente de esta nueva amenaza, y tal vez resolver un misterio de años.
