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Es el año 2034, han pasado dos años desde que Motoko Kusanagi dejó la Sección 9. Ahora, Togusa, como nuevo líder del equipo, ha considerado necesario el incremento de personal. Esta ampliada nueva Sección 9 se enfrentará a una serie de complicados incidentes, detrás de los cuales se encuentra un ultra-hacker conocido con el nombre de El Marionetista. Durante la investigación que lleva a cabo Batou, este se cruzará de nuevo con Motoko, que dejará un mensaje: "Manteneos alejados de la Solid State Society". Película especial que cierra el argumento de la serie “Stand Alone Complex”, estando considerada en algunos sitios como la tercera temporada no oficial.
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Yuuko ha recibido una misteriosa invitación para una subasta. Cual es su sorpresa cuando al llegar a la mansión en la que va a celebrarse, encuentra a varios coleccionistas que también están dispuestos a pujar en ella... pero sin embargo el anfitrión y anónimo remitente de las invitaciones no aparece. La situación da un giro inesperado cuando los coleccionistas empiezan a desaparecer, tras lo cual Watanuki, Doumeki y Yuuko se verán envueltos una serie de extraños sucesos... ¿qué es lo que realmente esconde esta lúgubre mansión?
