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La acción transcurre en un plano temporal futurista, en el año 2144 aproximadamente, donde la Tierra ha sido devastada por unos seres llamados Festum desde el año 2114. Por ciertos eventos causados por estos seres los japoneses perdieron su fertilidad y fueron prácticamente borrados del mapa. Los supervivientes se encuentran ahora en una remota isla japonesa llamada Tatsumiya. La gente ha logrado sobrevivir escondiéndose de los Festums usando la más avanzada tecnología. Es el último paraíso en la Tierra. Lo más sorprendente de esta isla es que es todo un continente flotante. Al fin, los Festums descubren la isla y comienzan a atacar. Aún así, los humanos no estaban desprevenidos. Tras activar los escudos de energía que protegen la isla, mandan a un joven piloto, Kazuki Makabe (???? Makabe Kazuki), a luchar contra los Festums usando un robot gigante llamado Fafner.
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Una serie de asesinatos destruye la vida de antiguos miembros de una academia de música dirigida por un famoso pianista. Conan y compañía son invitados a la apertura del salón de conciertos en honor a ese pianista. La característica principal del concierto son los tonos de 'Bach trembled', un tipo de música tocada con el Órgano de pipa, el famoso violín 'Stradivarius', y la voz perfecta de una vocalista. Sin embargo, comienzan a suceder muchos incidentes sospechosos antes del concierto.
