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Es el año 2034, han pasado dos años desde que Motoko Kusanagi dejó la Sección 9. Ahora, Togusa, como nuevo líder del equipo, ha considerado necesario el incremento de personal. Esta ampliada nueva Sección 9 se enfrentará a una serie de complicados incidentes, detrás de los cuales se encuentra un ultra-hacker conocido con el nombre de El Marionetista. Durante la investigación que lleva a cabo Batou, este se cruzará de nuevo con Motoko, que dejará un mensaje: "Manteneos alejados de la Solid State Society". Película especial que cierra el argumento de la serie “Stand Alone Complex”, estando considerada en algunos sitios como la tercera temporada no oficial.
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Todo comienza cuando Shin chan y sus amigos se dan cuenta de que las profesoras y compañeros se comportan más raro que de costumbre. Cuando comienzan a investigar, llegan a la conclusión de que la ciudad de Kasukabe se está llenando de clones. Aparece un ser idéntico a otro y sin que nadie pueda evitarlo, el auténtico desaparece por completo. Lo único que saben de estos clones es que les gusta bailar nada más y nada menos que... ¡la samba! Este dato les ayuda a adivinar qué personas de su alrededor no son auténticas; ya que una vez que suena la música ¡no pueden dejar de mover el esqueleto!
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La acción se desarrolla en un universo alternativo, en el que Sakura es la princesa de Clow, un mundo misterioso. Syaoran, un amigo de la infancia, se ha enamorado de ella a pesar de su diferente nivel social. En la excavación arqueológica en la que éste trabaja, Sakura detona un extraño artefacto que dispersa sus recuerdos en otras realidades en forma de plumas. Para salvar a Sakura, Syaoran hará un trato con la Bruja del Espacio-Tiempo: a cambio de permitirle viajar a otras dimensiones en busca de las plumas, la bruja borrará todo recuerdo de su existencia de la memoria de Sakura. Syaoran acepta desinteresadamente su petición diciendo "Yo sólo quiero salvar a Sakura, aunque ella no recuerde que existo". Le ayudarán a recuperar las plumas de Kurogane, un poderoso ninja; Fye, un mago y Mokona, la única persona capaz de localizar las plumas y abrir las puertas a otros universos.
