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La historia se sitúa varios años después de la batalla con Majin Buu. Bils, el Dios de la destrucción que mantenía el equilibrio del universo, se ha despertado de un largo sueño. Al escuchar rumores sobre un saiyajin que ha vencido a Freezer, Bils parte a la búsqueda de Goku. Emocionado por el hecho de que haya aparecido un oponente tan poderoso tras tanto tiempo, Goku ignora las advertencias de Kaito y decide enfrentarse a él.
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Tras una serie de asesinatos en Tokio y Kanagawa, policías de todo Japón se reúnen para asistir al encuentro relacionado con el caso. Conan ve como un hombre entra en el coche de Gin y sospecha que el caso está relacionado con los hombres de negro. Uno de ellos se hace pasar por un miembro de la policía y va en busca de un disco de memoria de su organización.
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Hace 300 años, un experimento con plantas en la luna acabó con medio satélite y con la población de la Tierra. Ahora sólo unos pocos supervivientes cohabitan en las ruinas de las antiguas ciudades. Una de estas ciudades es Neutral, donde vive Agito, un muchacho que siempre está metiendose en líos con su mejor amigo. Su padre, uno de los tres fundadores de la ciudad, y quizás el más importante, se convirtió en un humano mejorado al llegar a un acuerdo con el bosque y sus criaturas.
