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Clannad está ambientado en una escuela secundaria ubicada en una ciudad japonesa. Okazaki Tomoya es un estudiante de tercer año que no se toma en serio sus estudios. Siempre tarde a clase, es visto como un delincuente por el resto de sus compañeros que están ocupados preparándose para sus exámenes de ingreso. No hace falta decir que tampoco tiene muchos amigos cercanos.
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Kiyomaro fue secuestrado por un gran objeto y perdió el conocimiento. Cuando él se recupero, estaba en un castillo rodeado de máquinas. Entonces, un monstruo llamado Doctor M2 apareció. El doctor M2 quería que Kiyomaro fuese su compañero para conquistar el mundo mágico.
