"Agente 47" narra la historia de un asesino de élite que ha sido genéticamente alterado para convertirse en una perfecta máquina de matar. Su objetivo es acabar con una gran corporación que planea desvelar los secretos de su organización secreta. Para ello, forma equipo con una joven.
En los años 30, un comediante y actor de cabaret alemán, Hans Zeisig, llega al legendario Hotel Lux, el "paraíso perdido" de Moscú. Allí es confundido con Hansen, el astrólogo personal de Hitler.
Una noche, Louise, la líder de un trío de vampiras, muerde a la joven Lena, cuya vida desde entonces será a la vez una bendición y una maldición. Al principio, disfruta de una libertad sin límites, del lujo y de las fiestas. Pero, al mismo tiempo, no puede soportar los instintos asesinos y la sed de sangre de sus compañeras. Además, se enamora de Tom, un joven policía, y entonces no tendrá más remedio que elegir entre el amor o la inmortalidad.
En un futuro no muy lejano, Gran Bretaña es un país totalitario dirigido con mano de hierro por un tirano (John Hurt). Una tarde, tras el toque de queda nocturno, la joven Evey (Natalie Portman) es rescatada en plena calle por un misterioso enmascarado cuyo nombre es V (Hugo Weaving). El extraño personaje le explica cuáles son sus planes para combatir la falta de libertad. A partir de ese momento, las acciones de V tendrán como objetivo hacer estallar en todo el país una revolución contra el gobierno fascista.
En el mundo del futuro, un régimen estricto ha eliminado las guerras al haber superado las emociones. Los libros, el arte y la música están totalmente prohibidos, y los sentimientos se consideran un crimen castigado con la pena de muerte. El clérigo John Preston (Christian Bale) es un agente de élite del gobierno, responsable de combatir aquellos que osen desafiar las reglas. Cuando pierde una dosis de "Prozium", una droga que altera la mente para ocultar sus emociones, toda su escala de valores cambiará de manera súbita.
