Bill Gluckman (Ryan O'Neal), un rico judío de Malibú candidato a gobernador de California, ve peligrar su carrera política por culpa de su hijo (Jamie Kennedy), un niño rico que, en su afán de convertirse en rapero, no cesa de poner en evidencia a su progenitor cada vez que habla y actúa como tal. Así que Bill, decidido a darle una lección y esperando quitarle de la cabeza la idea de ser rapero, contrata a dos actores para que, haciéndose pasar por gángsteres, secuestren a su hijo y le enseñen lo "duro" que es el mundo en el que se quiere introducir.
La familia Newton está de vacaciones en Europa, pero no quiere dejar de estar presente en una gran reunión familiar que prepara todo el clan. En representación de todos acudirá Richard Newton, el hermano de George, que se llevará consigo al gran perro Beethoven.
La película consta de nueve tramas paralelas que tienen lugar en el Valle de San Fernando, en Los Angeles: un niño prodigio, el presentador de un concurso de televisión, un ex-niño prodigio, un moribundo, su hijo perdido, la mujer y el enfermero del moribundo. Son historias aparentemente independientes, pero que guardan entre sí una extraña relación. Magnolia es el retrato de la vida americana visto a través de una serie de viñetas cómicas y conmovedoras.
