Nim y su padre Jack son los únicos habitantes de una remota y exótica isla. Aunque no va a la escuela, Nim ayuda a su padre a realizar diariamente anotaciones científicas, se ocupa de cuidar el huerto y de que el panel solar alimente el ordenador, a través del cual Jack se comunica con el mundo. Un buen día, tras la desaparición de su padre, Nim entra en contacto con una famosa escritora de novelas de aventuras que irá a visitarla.
Han pasado cuatro años desde la devastación del Parque Jurásico, y el Dr Malcom está a punto de descubrir que algo ha sobrevivido. En una isla de Costa Rica perteneciente a la Costa de las Cinco Muertes, los dinosaurios viven y se reproducen en libertad. Se trata de la llamada zona B: el lugar que servía como laboratorio genético. Después de que John Hammond llevara a la empresa a la bancarrota, su sobrino Peter ha tomado las riendas y está dispuesto a levantar la compañía explotando la peligrosa zona.