En un mundo dominado por los monstruos, una joven sacerdotisa se somete a un entrenamiento para combatirlos. Adiestrada, se une a un grupo de guerreros sin experiencia que se dispone a derrotar a los seres malignos.
La película continúa con la aventura épica de los valientes Riko y Reg quienes se unen a su nueva amiga Nanachi. Juntos, descienden a la traicionera quinta capa del Abismo, el “Mar de los cadáveres”, en donde se encuentran con el misterioso Bondrewd, un legendario White Whistle cuya sobra cierne sobre el turbulento pasado de Nanachi. Bondrewd es increíblemente amistoso, pero los valientes aventureros saben que las cosas dentro del Abismo no son lo que parecen…
Tras el incidente de Heath Oslo, la existencia de la organización antiterrorista estadounidense-japonesa CIRS se ha convertido en una cuestión de conocimiento público. CIRS ha sido reconstruido desde cero, y sus funciones más encubiertas se han transferido a una nueva agencia: SORD (Operaciones Sociales, Investigación y Desarrollo). El objetivo de SORD es formar a una nueva generación de operativos para defender al país de futuras amenazas. Para ello, la organización ha establecido una serie de escuelas en todo el país. La Academia de Mihama, más o menos abandonada a su suerte tras su abrupto cierre, se ha convertido en una de esas "escuelas de formación especializada".
Made in Abyss: Wandering Twilight muestra a Riko y Reg en su aventura por el Abismo y retoma la historia inmediatamente después de lo sucedido en Made in Abyss: Journey’s Dawn. El misterio en torno a la muerte de su madre se hace más profundo cuanto más descubre Riko sobre sus orígenes. Con inquebrantable determinación para llegar al fondo del Abismo, Riko y Reg dejan el Campamento de Aproximación de Ozen y exploran la peligrosa Tercera Capa... y más allá.
El enigmático Abismo es un lugar implacable y mortal. A pesar de los peligros, todavía captura la imaginación de exploradores como Riko, que desea seguir los pasos de su madre y se entrena para convertirse en un Raider de Cavernas. Un día, recibe noticias de que su madre murió en el Abismo. Sin embargo, una nota misteriosa le dice a Riko que su madre aún podría estar viva. Con el compromiso de descubrir la verdad sobre el destino de su madre, Riko se embarca en un viaje con un robot robot humanoide llamado Reg. Juntos, descubrirán si tienen lo necesario para sobrevivir donde tantos otros han perecido.
La historia tiene como protagonistas a una pandilla de niños que, durante unas vacaciones de verano en un campamento, encuentran a un extraño perro. Sin embargo, el perro es en realidad un alienígena en una misión crucial para su planeta: encontrar una sustancia de la Tierra que les ayude a sobrevivir. Los niños le ayudarán a encontrarla y, como recompensa, este les conducirá a un viaje a las estrellas.
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