悪の天才科学者Dr.ウィローの助手であるDr.コーチンはドラゴンボールを集め、永久氷壁の中からDr.ウィローを50年ぶりにこの世に蘇らせた。頭脳のみの存在であるDr.ウィローは、地上で最も強い人間の肉体を求めていた。彼は武術の神様と謳われた亀仙人こと武天老師に目を付け、自身が造った3体の凶暴戦士を亀仙人と戦わせた。ウーロンの頼みを受けて、危機に駆けつけた悟空たちの前に立ち塞がったのは、凶暴戦士たち、そして洗脳されたピッコロだった。悟空とピッコロの戦いを静観するDr.ウィローは、その戦闘力の高さを瞬時に見抜き、悟空の体を欲するようになる。
平和な一時を過す悟空たちであったが、地球にはサイヤ人戦士ターレスの軍団が人知れず潜んでおり、不穏な空気が流れていた。ターレス一行は宇宙を暴れまわるクラッシャー軍団として恐れられ、近いうちには銀河を手中に収めんとするならず者の集まりであった。彼らは、星の生命を吸い上げて成長する神精樹を使い、その実を食べることで絶大な力を手にする。その神精樹の拠り所として選んだのが地球であった。神精樹の種が蒔かれた地球には次々と天変地異が起こる。北の界王から地球が衰退していくことを知らされた悟空たちZ戦士は、神精樹を破壊して地球を救うため、ターレスたちに戦いを挑む。
全宇宙を支配しようとたくらむ悪の宇宙人スラッグが、地球を最新型惑星クルーザーとして使用するために襲来。 太陽の光を直接浴びると1時間も生きていられない種族であるスラッグ軍団の魔族は、手始めに地球の太陽光線を遮断する。悟空たちはスラッグの野望を阻止しようと闘うが、スラッグの強さはあのフリーザや超サイヤ人をも上回るかもしれないという。悟空たちとスラッグ軍団との戦いが始まる。
デンデが地球の神となり、その後も新ナメック星ではいつもとかわらず平和な日々が続いていた。しかし、ある時巨大な要塞が新ナメック星を覆った。 新ナメック星からの危機を知らされたデンデは孫悟空たちに救援を要請。悟空たちは大型の宇宙船で新ナメック星へと向かうが、そこに現れたのは、かつて悟空が倒したはずのフリーザの兄・クウラだった。 宇宙に一つのコンピューターチップがあった。それは長い歳月をかけてどんどん増殖していった。死んだと思われていたクウラは、脳だけで宇宙を漂っていたが、運良くそのコンピューターチップに辿り着き、巨大移動型要塞「ビッグゲテスター」を築き上げた。その後、新ナメック星を侵略するために覆い尽くしていたのである。 そして、悟空とクウラの因縁の対決が再び始まる。
人造人間17号によって、ドクター・ゲロは殺された。しかし、人造人間たちですら知らない極秘の地下研究施設では、ゲロの怨念を引き継いだスーパーコンピューターが引き続き「孫悟空抹殺」を目的に開発を続けていた。 デパートで買い物と食事を楽しむ悟空たちの前に、突如として謎の2人組が襲撃をかけ、街を破壊し始める。その存在に気付いた悟空は、2人に気が感じられないことから、ドクター・ゲロの作った人造人間であることを察知する。街中で戦う悟空とトランクスだったが、トランクスの咄嗟の一言で、人気のない場所へ誘き出す。 その頃、ドクター・ゲロの研究所では最後の人造人間・13号が完成し、悟空の元へと迫っていた。
賞金1億ゼニーと世界温泉めぐりが懸ったギョーサン・マネー主催の天下一大武道大会に出場した悟飯たち。かつて父・悟空も今の自分のように亀仙流の道着を着て修行に励んでいたと、優勝を目指し次々と勝ち進む悟飯。未来から人造人間を倒したことを報告しに来たトランクスや、いきなりピッコロと闘う羽目になってしまったが、ピッコロがくだらなさを感じ棄権したために勝ち進んでいくクリリンもそれに続いていた。しかし、ベジータは悟空が死んだショックから立ち直りきれておらず、トランクスの試合をつまらなさそうにテレビで観戦していた。あの世では大会の様子を悟空や界王様も見物していた。同時に会場にいたミスター・サタンが地球を救ったことになっていたことも知ったようである。 ついに決勝の組み合わせが決定した大会では、バトルゾーンで銀河戦士と戦い勝って一番初めに戻ってきた選手が優勝というルールで試合が開始された。銀河戦士は東西南北それぞれの銀河を代表する戦士という振れ込みだが、実はサタンの弟子。しかし、本来現れるはずの彼らと入れ替わった謎の銀河戦士たちが出現した。 通常の選手との違いを感じ取ったクリリンだったが、なすすべなく敗れてしまう。悟飯もほかの選手との違いを感じて戦闘を開始。別の場所で何とか一味の一人を討ち取ったトランクスであったが、その直後に別の仲間に襲われてしまう。 それを見ていた界王様はかつて銀河中を荒らしまわったボージャック率いるヘラー一族であることを確信する。東西南北4人の界王によって封印されていたが、セルとの闘いで北の界王が死んでしまったために封印が解けてしまったという。悟空が不在の地球を守るべく、悟飯の戦いが始まる。
天下一武道会の賞金の取立てを行いにミスター・サタン宅には18号たちが訪れていた。散々取立てを行ってもまだ賞金が届いていないと言い張るサタンの下にジャガー・バッダ男爵の使い・メンメンが現れる。サタンのために用意した戦士と戦えという要求に対していやいやジャガーの下へ向かうサタン。しかし、人造人間18号や同じ場にいた孫悟天、トランクスも付いて行ってしまう。 サタンの弟子として何故か戦うことになった18号たちだが、ジャガーの準備した戦士など彼女らの敵ではなくバイオ戦士たちを一蹴してしまう。その後、見慣れない施設群に興味津々の悟天たちだったが、そこでサイヤ人と思われる一体のバイオ戦士のカプセルを発見、中にいた戦士がこちらを向いた瞬間に悟天たちは驚愕した。それは前回の戦いで死亡したブロリーのクローン、バイオブロリーだった。 バイオカプセルから出てしまう前にバイオブロリーをカプセルごと破壊しようと試みるも、バイオブロリーは自らカプセルを破り外に出てきてしまう。もはやかつての面影のない不気味な様相となっていたバイオブロリーに、18号が戦いを挑むもバイオブロリーの強さに太刀打ちできずにやられてしまう。 2度も同じ相手にやられてたまるかと、悟天とトランクスは超サイヤ人に変身し、バイオブロリーとの戦いに挑む。
普段のように天国と地獄の管理を行っている閻魔の館で一人の若いサイケ鬼が地獄行きの魂を浄化するスピリッツロンダリング装置のタンクを換え忘れた。満タンになったタンクからは悪の気が漏れ出し、サイケ鬼の体を媒介に、怪物ジャネンバに変化。同時に閻魔の館は結界で封じられてしまい、あの世とこの世の秩序がめちゃくちゃになってしまった。この世ではフリーザなど、かつて倒した悪人達が復活し大混乱。孫悟飯、孫悟天、トランクスらが応戦するが、根本的な解決法が分からずにいた。 同じ頃、前回のあの世一武道会のやり直しとして再び行われていた武道会の決勝戦にて、突如謎の結晶体が現れる。閻魔界に異常があることを知った悟空とパイクーハンは閻魔のもとへと向かい、結界を破壊しようと試みるも失敗。閻魔から、結界を張った張本人が上にいたジャネンバであると告げられ、ジャネンバ直々の指名もあり、悟空が闘いを挑むことになる。 ジャネンバは一見間抜けな姿をしているが、魔法のような不思議な技を自在に操る上に、相手の動きを見切ることに長けているため、悟空はやや苦戦を強いられる。ついに悟空は魔人ブウ戦以来2度目となる超サイヤ人3に変身し、ジャネンバに渾身の一撃を喰らわせる。ところが、息絶えたかに見えたジャネンバは瞬く間に体を再生させ、より戦闘向きの体となって悟空に襲い掛かった。ジャネンバの実力は悟空の超サイヤ人3の力を持ってしても歯が立たず、大ピンチに。そんな中悟空のピンチに駆けつけたのは、あの世の秩序が乱れたことにより、本来の肉体を取り戻したベジータだった。 一人果敢に立ち向かうベジータだったが、ジャネンバに敵わず、歴然たる実力差を見せつけられたベジータは、死んだ今でもなお悟空に一歩及ばないことを悟り、落胆する。そこで、悟空から最後の手段として、融合技「フュージョン」を提案される。あの世とこの世の秩序を元通りにすべく、悟空とベジータは、強敵ジャネンバを前にフュージョンを試みる。
魔人ブウの脅威が去り、グレートサイヤマンの活躍などもあって地球はしばし平和な日々が続いていた。ある日、悟飯とビーデルはいつものようにグレートサイヤマンとしての任務をこなしている最中にホイという老人からオルゴールに封じられた勇者を復活させてほしいと頼まれる。オルゴールを鳴らすことができれば勇者は復活するというが、悟空でさえオルゴールの取っ手を回すことはできず、ならばドラゴンボールに頼んでみようということで神龍を呼び出す。 神龍によって封印を解かれたオルゴールは美しい音色と共に壊れ、そこからオカリナを吹きながら一人の青年が現れた。彼こそホイの言っていた伝説の勇者・タピオンであった。タピオンのその雰囲気にトランクスは興味津々でついてまわるが、そこでホイの不審な動きも目撃する。その後打ち解けたトランクスとタピオンはカプセルコーポレーションで一緒に兄弟のように住み始めるが、実はタピオンには恐ろしい秘密が隠されていた。かつてコナッツ星を襲った幻魔人ヒルデガーンが彼の体内に封じられていたのである。 ブルマの提案で封印されていたオルゴールを再現するも、先に封印の解かれた下半身と引き合う力を止められず、ついにヒルデガーンは復活してしまった。悟空たちと、幻魔人ヒルデガーンとの戦いが始まる。
少女パンジの住むグルメス国では、世界最高の宝石「リッチストン」を掘り出すために、軍隊が村の家や田畑を破壊し続けていた。苦しむ村人たちだが、強力な軍隊の力の前では、暴挙を止めさせることはできない。パンジは村を抜け出し、武術の神・武天老師に助けを求めるため旅を始めるのだった。
亀仙人に弟子入りして稽古をつけて貰おうと、はるばるカメハウスまでやって来た孫悟空。同じ日、坊主頭の少年クリリンも弟子入りを目的にカメハウスまでやってくる。亀仙人は双方に弟子入りするための条件として、西の果てにある魔神城で数千年間眠り続けているという美女「ねむり姫」を連れてくることを提示する。早速自分が弟子入りを果たそうと、競い合いながら魔神城へ向かう2人。 その後久々に悟空に会いに来たブルマたちは、「スケベなお使い」を隠したい亀仙人から、悟空の行き先は遊園地だと伝えられる。一行は事実を知らないまま、遊園地があると聞かされた魔神城の方角へ悟空を追っていくのであった。 そしてその頃、金髪の謎の女性ランチも、「ねむり姫」のことを知り魔神城へと向かっていた。
むかしむかし、パオズ山にシッポの生えた不思議な少年、孫悟空が住んでいた。悟空は、育ての親である孫悟飯じっちゃんの形見である四星球をじっちゃんだとして、大切に保管していた。 そんなある日、いつものように魚をとっていた悟空は、ドラゴンボールという不思議な球を探していたブルマと出会う。自分のじっちゃん以外に初めて見る人間にとても驚く悟空だったが、形見として大切にしていた四星球がドラゴンボールの一つだということを知らされ、一緒にドラゴンボール探しの旅に出ることになる。道中、ウーロンを一行に加えつつ、盗賊のヤムチャとプーアルと対決しながらも、悟空達はドラゴンボールを集めていく。 一方、悪名高きレッドリボン軍が、世界征服のためドラゴンボールを求めていた。
フクロウたちが高度な文明を育む世界。ティト森林王国に暮らすメンフクロウの少年ソーレンは、ある夜、兄のクラッドと共に謎の一味にさらわれてしまう。一味は、王国の支配をたくらむ邪悪な組織《純血団》だった。誘拐された子どもたちは月光によって催眠術にかけられ、一味のために働かされるのだ。親友となったサボテンフクロウのジルフィーと共に脱走したソーレンは、伝説のガフールの勇者たちが住むという神木を探す。
舞台女優・牧樹里の元に、怪盗キッドから宝石“スター・サファイア”を盗み出すという予告状が届く。牧から宝石保護の依頼を受けた小五郎は、予告状の暗号からキッドが舞台公演中に現れると推理。宝石を守るため、小五郎、蘭、コナンたちは劇場を訪れるが、驚くべきことにコナンたちの前に工藤新一に扮したキッドが現われた。対峙する2人。コナンvsキッド。今まさに、宿命の対決に幕が切って降ろされようとしていた……。
15年前、北大西洋上で貨物船第一八代丸が氷山に衝突し沈没。船長とひとりのクルーが犠牲になった。時は流れ現代。大財閥・八代グループの一つ、八代造船の設計士が、自身が手掛けた豪華客船アフロディーテ号の初航海を見ることなく車を運転中に心臓発作で事故死する。その半月後、園子のはからいでコナン、蘭、小五郎たちは、同号の処女航海に参加していた。だが船中には不審な人物が暗躍、ついに殺人事件が発生する……。
謎の人物から横浜のテーマパークに招待されたコナンと蘭たち。だが皆が遊びに行く中、探偵毛利小五郎とコナンだけがホテルに残され、招待者からの依頼を明かされる。それは彼からのヒントをもとに、ある事件の謎を解いてほしいというものだった。ただし、12時間以内に解決できなければ、蘭たちが身に着けた腕時計型入園パスが爆発するという。コナンは同じく人質を取られた大阪の高校生探偵・平次らと協力して事件を追うが……。
小五郎に連れられ、太平洋の孤島・神海島（こうみじま）を訪れたコナンたち。そこでは海に沈む古代遺跡“海底宮殿”と、18世紀に実在した女海賊アン・ボニーとメアリ・リードの財宝伝説が語り継がれていた。そんな中、ダイビング中の蘭と園子は、宝を狙うトレジャーハンターチームのひとりがサメに襲われ死亡する現場を目撃する。不審なものを感じたコナンは捜査を進め、やがて謎の言葉“ジョリー・ロジャー”が浮かび上がる。
高名な元ピアニスト堂本一輝が率いる音楽アカデミーの出身者ばかりを狙った連続殺人が発生。そんな中コナンたちは彼が作った音楽ホールのこけら落としコンサートに招かれた。コンサートの目玉は、バッハが弾いたとされるパイプオルガンとバイオリン“ストラディヴァリウス”の音色、そして、絶対音感を持つ天才歌手・秋庭怜子の歌声であった。しかし、コンサート本番に向けて、数々の不審な事件が起こり始める……。
宇宙世紀0079。宇宙植民地(スペースコロニー)サイド3はジオン公国を名乗り、連邦軍に独立戦争をしかけてきた。 サイド7に住む15歳の少年アムロは、ジオン軍の奇襲の中、モビルスーツ・ガンダムに偶然乗り込み、敵モビルスーツ・ザクを撃退する。 避難民を乗せたホワイトベースは、ジオン軍の追撃をかわし、逃避の旅を続ける。迫るジオン軍の赤い彗星シャア。大人はみんな死んだ。 生きのびたければ、やるしかない。アムロの意志が、ガンダムを飛翔させる!
ホワイトベースの戦いは続いていた。ランバ・ラルのグフ、黒い三連星のドムがホワイトベースを襲う! 連邦軍のオデッサ作戦が進行する中で、アムロはかけがえのない人たちを次々と失っていく。ランバ・ラルとハモン、マチルダとリュウが生命をかけて戦い、散華するさまに、アムロが見たものは何か。死と生の交錯する戦場で、アムロのニュータイプへの覚醒が始まった!
