USSエンタープライズのカーク船長に恨みを持つカーンのせいで、カークの仲間スポックは命を落とし、遺体はジェネシス装置によって生まれ変わった惑星ジェネシスに葬られた。実はスポックは死の間際、自己の魂（カトラ）を仲間のマッコイの脳に移していた。それに気付いたカークはマッコイらとジェネシスに向かう。惑星には先にカークの息子デビッドのチームが到着するが、地球を含む惑星連邦と敵対するクリンゴン人に襲われる。
ニューヨーク。高校生ピーターはクモのようなパワーを持つ正義のヒーロー、スパイダーマンでもあるが、恋人グウェンの亡き父親と交わした“彼女を危険に巻き込まないよう別れる”という約束を果たせずに悩む。そのころ町では孤独な男性マックスが勝手に自分がスパイダーマンのパートナーだと思い込む一方、ピーターの旧友ハリーの父親が総帥を務める巨大企業“オズコープ”がなぜかずっとピーターを監視していた事実が分かる。
ギャング組織壊滅のため、ある証人を護衛する刑事ブリット。だがその証人が殺されてしまい……。激しいアップダウンを活かしたサンフランシスコの街中でのカーチェイスがあまりにも有名なアクション作。
合衆国司法機関の極秘情報がドラッグ密輸コネクションに漏洩（ろうえい）する事態が発生。それを受け、マイアミ警察特捜課（バイス）の刑事コンビ、ソニー・クロケット（コリン・ファレル）とリカルド・タブス（ジェイミー・フォックス）は南米に飛び現地の犯罪組織と接触し、情報が漏れた原因を見つけ出す任務を任された。
醜い容姿のため孤独である、仮出所中の犯罪者マーヴは一夜をともに過ごした売春婦ゴールディに惚れるが、彼女を殺され、犯人に復讐すべく立ち上がる。逃亡中の犯罪者ドワイトは、警官が殺された事件で売春婦たちが疑われないよう一肌脱ぐ。正義漢だが相棒に裏切られ、無実の罪で投獄されたハーティガン刑事は8年後、刑務所を出所。愛する少女ナンシーを守るための戦いへ。
1935年、上海。あるナイトクラブで殺されかけた考古学者にして冒険家のインディはクラブの歌姫ウィリー、現地の少年ショーティを連れて逃げだす。3人が乗った飛行機は墜落し、インドの山奥に不時着。3人は寂れた村にたどり着くが、そこでその長老から神の使いだと誤解される。村は謎の邪教集団に襲撃され、宝の石を奪われ、子どもたちを奪われたという。子どもたちの救出を依頼されたインディは教団の宮殿へと向かう。
舞台は1938年。冒険家として、また考古学教授として多忙な日々を過ごすインディ・ジョーンズに、大富豪ドノヴァンから相談が持ちかけられる。イエス・キリストの聖杯の所在を示す重大な遺物を手に入れたが、調査隊の隊長が行方不明になり、それを探して欲しいというのだ。 最初は渋っていたインディだったが、その行方不明になった隊長というのが自分の父、ヘンリー・ジョーンズであると聞き、仕方なく依頼を承諾。父が最後に消息を絶ったヴェネツィアに向かった。
腕はいいが問題ばかり起こし、上司のトッド警部からも見放されたような状態のデトロイト市警察本部の若手刑事・アクセル（エディ・マーフィー）は、ビバリーヒルズからやってきた幼馴染のマイキーと再会するが、その夜にマイキーが殺害される。マイキーの仇討ちを決意したアクセルは、犯人を追って単独でビバリーヒルズに乗り込み、規則に忠実で洗練された地元（ビバリーヒルズ警察）の刑事達と衝突しつつも巨悪に迫る。
ビバリーヒルズの高級宝石店が武装した一味に襲われ、一味のひとりに市警のボゴミル刑事部長が撃たれて重傷を負う。ボゴミルの部下のローズウッド刑事はかつてともにギャングと戦ったデトロイト市警のアクセルに捜査協力を依頼。デトロイトからビバリーヒルズに駆けつけたアクセルは、ある射撃クラブを怪しいとにらむが予想は的中。クラブで働く美女カーラたちが犯人グループだった。一味は新たに競馬場の集金所を襲おうとする。
一等航海士のライカーとカウンセラーのトロイの結婚が決まり、トロイの故郷ベタゾイドで行われる祝宴に向かうピカード艦長とエンタープライズ号のクルーたち。途中、ある惑星でデータそっくりの不審なアンドロイドを発見。原因不明のまま、ひとまず航行を続けていたエンタープライズに、今度は艦隊司令部のジェーンウェイ提督から長年対立関係にあったロミュランに向かうよう緊急指令が入る。ロミュランに政変が起り、新執政官シンゾンから講和を結びたいとの申し入れがあったというのだ。急ぎ、エンタープライズはロミュランに進路をとるのだった。
南米某国で行方を絶った重要人物奪還のためにジャングルに潜入する特殊コマンド部隊。だがゲリラを掃討した彼らを待ち受けていたのは宇宙から飛来した肉食異星人プレデターだった。体を透明化させて周囲の風景に溶け込み、どこからともなく牙を向くプレデターに隊員たちは次々に倒されていく。仲間を全て失った隊長シェイファーは、姿なき敵が熱に反応して攻撃してくる事を突き止め、ついに一対一の闘いを挑む。
1957年、大学で学生たちに考古学を教えているジョーンズ博士(ハリソン・フォード)は、超常現象的なパワーが宿っているという秘宝“クリスタル・スカル”を求め、相棒の若者マット・ウィリアムズ(シャイア・ラブーフ)とともに再び冒険の旅へと出る。しかし、インディたちの前に、秘宝を付け狙うロシア軍が立ちはだかり…。
アメリカのとある街、深夜突如奇怪な放電と共に屈強な肉体をもった男が現れる。同じくして放電の中からもう一人の男カイル・リースが現れる。屈強な肉体を持った男はモラルや常識もない。あるのはただ１つの目的アメリカ人女性サラ・コナーという名の人物の殺害だった。電話帳名簿から「サラ・コナー」の名を持つ女性をかたっぱしから銃殺していく男。その頃カイルは目的のサラ・コナーと接触し間一髪で彼女を救う。カイルはサラに、サラを狙っているのは近未来から送られた人類殺戮ロボット「ターミネーター」であり、未来ではロボットの反乱による機械対人類の最終戦争が起こっている事、そしてサラは人類軍の希望のリーダー ジョン・コナーの母親である事を告げる。 サラを連れカイルはターミネーターからの逃亡を開始する。
クリスマス近いゴッサムシティ。市民は謎の怪人ペンギンの出現に戦慄していた。一方、市の電力を独占しようとたくらむ実業家マックスは、秘密を知った秘書セリーナを殺害しようと窓から突き落す。命を取りとめた彼女は女性の犯罪者、キャットウーマンとなって社会とマックスに復讐を誓う。やがて手を組んだキャットウーマンとペンギンは、マスコミ操作でネガティブキャンペーンを張り、邪魔者バットマンを追放しようたくらむ。
ザ・ブライドは結婚式を襲撃した4人の殺し屋の内、オーレン石井とヴァニータ・グリーンに復讐を果たした。残った2人、ビルの弟で現在は酒場の用心棒として働いているバドと、ビルの現在の愛人であるエル・ドライヴァー、そして結婚式襲撃の首謀者と思われるビルに復讐するため、ザ・ブライドはまず手始めにバドが住んでいるテキサスの地へ向かう。
億万長者の実業家ウェイランド（ランス・ヘンリクセン）は、考古学者、科学者、セキュリティのエキスパートからなる国際チームを招集し、環境問題専門家で女性冒険家のレックス（サナ・レイサン）にガイドを頼み、南極の地下深くから放出されている謎の“熱源”の調査を敢行する。そして、600mの地底で目撃したものに、彼らは興奮し、次に恐れを抱く。彼らが発見したのは、アステカ、エジプト、カンボジアの各文明が交じりあった巨大なピラミッドだった。ピラミッドの内部に様々な部屋を見つけ、その進んだ技術が数千年前から地球外文明の影響を受けてきたことが明らかになる。 そのとき突如、部屋の壁が動いて閉じこめられただけでなく、その動く壁の迷路によってチームのメンバーは分断されてしまう。部屋から部屋へと移動しているうち、象形文字からついに恐ろしい真実が明かされる。プレデター種族は、100年周期で生きたまま凍らせたクイーン・エイリアンに卵を産ませ、若いプレデターの戦士は、生まれたエイリアンと対決する試練を受ける。この信じがたい成長の儀式――エイリアン対プレデターの戦いの真っ直中に、レックスたちは足を踏みこんでしまったのだ、生け贄として……。
大都市ゴッサムシティ。敏腕検事だったデントは、法廷で硫酸をかけられた事件をきっかけに怪人トゥー・フェイスと化して悪事を働くように。一方、バットマンの表の顔、大富豪ウェインの会社で働く研究員ニグマは、自分の発明したマインドコントロール装置が無視されたことを逆恨みし、クイズで相手を翻弄する怪人リドラーに生まれ変わる。正義の味方バットマンは、多重人格の権威チェイス博士とこれら新たな敵に立ち向かっていく。
“A FREEZE IS COMING!” すべてを氷づけにしようとする怪人Mr.フリーズがゴッサム・シティーに出現。事もあろうに、誘惑フェロモンと猛毒キスを武器にするポイズン・アイビーと手を組んだ！ 対するバットマンも、ロビンとバットガールという味方を得て迎え撃つが！3代目バットマンに選ばれたジョージ・クルーニー、初登場のバットガールにアリシア・シルヴァーストーン、注目の悪役にはアーノルド・シュワルツェネッガーら、豪華スターが共演。機能性がアップしたバットモービルや、より奇抜さを増したゴッサム・シティーなど、本シリーズならではの斬新なデザインも充実。
南極で研究を続ける古代気象学者ジャック・ホール教授は調査データから地球規模の自然危機を予感する。そして、その4か月後、東京などで異常気象が発生し彼の嫌な予感は現実味を帯びてくる。
南極に存在したピラミッドでの死闘の末、宇宙船の中でプレデターの体内からチェストバスターが誕生するという衝撃のラストシーンで前作は終わった……。しかし、それはこれから地球で起こる惨劇の序章でしかなかった！ プレデターから飛び出たチェストバスター＝ニュー・エイリアンは、宇宙船の中で“プレデリアン”へと成長し、プレデターを次々と殺戮していく。コントロール不能となった宇宙船はコロラドの森へ墜落し、“プレデリアン”をはじめ、宇宙船に潜んでいた無数のエイリアンたちが獲物を求めて飛び出していった。一方、宇宙船の異変に気づいた、エイリアンを駆逐することを生業とするニュー・プレデター＜ザ・クリーナー＞が地球へと乗りこんでくる。そして遂に始まった、人類の眼前で次々と繰り広げられる壮絶かつ凄惨な戦い……。史上最も恐ろしい２大モンスターの激突の行方は？ そして人類を巻き込んだ戦いの果てに待ちうける、驚愕の結末とは？ 人類が最も恐れていた悪夢が現実となる……。果たして地球に明日はあるのか？
