Colin J. O'Hara

前作から2年。CIAのパメラ・ランディは、ベルリンである事件の調査を行っていたが、何者かの襲撃を受け、調査チームの一人が死亡。時を同じくして、ボーンたちにも危険が迫る。人目を避けてインドのゴアで暮らしていたジェイソン・ボーンと恋人のマリーに刺客が迫り、マリーは殺されてしまう。ボーンはCIAが自分を始末しようとしていると推測してCIAを追い、CIAのパメラは現場に残されたボーンの指紋から襲撃犯はボーンだと考えボーンを追う。そしてベルリンとモスクワを舞台に、次第に「トレッドストーン計画」に隠された真実が明らかになっていく。

9年間の刑務所暮らしを終えて出所したウィルソン（テレンス・スタンプ）は、ひとり娘ステイシー（ニッキー・カット）がＬＡで事故死したという手紙を受け取る。死の真相を確かめるべく、手紙を出した彼女の友人エド（ルイス・ガズマン）を訪ねたウィルソンは、やがて彼女の死に大物音楽プロデューサーのテリー（ピーター・フォンダ ）がからんでいるのを知る…。