Junya Okamoto

A large spaceship appears over Tokyo three years before the story starts. A one-sided war against the seemingly harmless aliens ensues, sparking controversy and pacifism. Despite this unique and tragic event, high school girls Koyama Kadode and Nakagawa Ouran behave as if nothing has changed. They live their days like they always have. The focus of this story is not the alien invasion, but human nature, dialogue, growing up, and life.

原作の帯に描かれている猫顔の少女の視線と出会い、「零落」という文字に惹かれ手に取り、読み終えた後「絶対に映画にしたい！」と心が叫んだという。

全てのポケモンの“はじまり”と言われ、「清らかな心と、会いたいと強く願う気持ち」の2つを持つ冒険者の前にだけ現れるという幻のポケモン・ミュウ。世界中のポケモン研究者がその行方を追う中、ついにある科学者がミュウの化石を発見し、それをもとに禁断の行為に手を染めてしまう。人間のエゴによって生み出された伝説のポケモン・ミュウツーは、自身の存在理由も分からないままに兵器としての実験を繰り返され、心の中に人類への憎悪の念を宿していく。

自分の気持ちを言葉にするのが苦手な中学生の琉花は、長い夏休みの間、家にも学校にも居場所がなく、父親の働いている水族館へと足を運ぶ。そこで彼女は、ジュゴンに育てられたという不思議な少年・海と、その兄である空と出会う。やがて3人が出会ったことをきっかけに、地球上でさまざまな現象が起こりはじめる。

高校生の薫は父親を亡くし、親戚と暮らすために長崎県佐世保に引っ越す。転校先で孤独を感じていた彼は札付きの不良と恐れられる千太郎と、クラス委員で千太郎の幼なじみである律子と出会う。ある日、律子の家であるレコード店の地下のスタジオにやって来た薫は、ドラムを演奏する千太郎の姿を見てジャズに魅了される。その日を境に薫の毎日は楽しいものとなり、律子に恋心を抱くが、彼女は千太郎のほうに好意を感じていた。

マサラタウンで暮らす少年サトシは、ポケモントレーナーの資格を得る10歳の誕生日を楽しみにしていたが、当日の朝に大寝坊をしてしまう。慌ててオーキド研究所へポケモンをもらいに行ったサトシに残されていたのは、人間に懐こうとしないピカチュウだけだった。サトシとピカチュウはぶつかりあいながらも友情を深めていき、旅立つ日に偶然にも上空を飛んでいた伝説のポケモンと言われるホウオウを見て、いつか一緒に会いに行こうと約束する。旅の途中で出会ったトレーナーからホウオウにまつわる言い伝えを聞かされたサトシたちは、いつの間にかサトシの影に潜んでいた謎のポケモン、マーシャドーに導かれるようにして、ホウオウが住むテンセイ山を目指す。

100年前、砂漠の街「デセルシティ」は、強大な力を持つポケモンによって壊滅的な被害を受けていた。そこへ現れた旅人が、不思議な力を持つツボでそのポケモンを封印したことで、デセルシティの人々は平穏な時間を取り戻していた。 そして時は流れ現在、旅を続けるサトシ達一行は、不思議なリングを使って色々なものを取り出したりする力を持つ謎のポケモン「フーパ」と、フーパの世話をしている少女・メアリと出会う。無邪気でいたずらとドーナツが好きなフーパは、サトシとピカチュウを「サートン」「ピーカン」と呼び、サトシ達とすぐに仲良しになる。デセルシティに着いたサトシ達は、メアリの兄・バルザと出会うが、フーパはどこか怪しい雰囲気のバルザと、彼の持っていた「いましめのツボ」にひどく怯える。バルザはフーパの姿を確認すると突然、ツボの蓋を開け、ツボの中から噴き出した「影」に包まれたフーパは苦しみ出し、邪悪な気配をまとった巨大なポケモンへと姿を変えた。

ギャンブルにハマった母親の借金を背負い、カウカウ・ファイナンスを営む丑嶋の容赦ない取り立てに追われる未來。出会いカフェで働くようになった彼女は、簡単に稼げるのならば体を売ってもいいと考えるように。一方、イケメンダンサーを集めたイベントを企画し、彼ら目当てに集まる女性たちから金を巻き上げる純は、丑嶋によって資金調達の道を閉ざされたことを恨んで復讐を決意する。

サトシ一行は次の街ローシャンを目指す途中、列車の上で傷ついたポケモンを見つける。 そのポケモンの名はケルディオ。しかし、サトシ達が助けようとした時、突然叫ぶ。 「キュレムが来る！」 ケルディオは〝聖剣士〟と呼ばれる3匹のポケモンの後継者で、共に修行の旅を続けていたのだが、 まだ未熟なのにもかかわらず、自らを聖剣士と偽って地上最強のドラゴンポケモン・キュレムに挑んだのだという。 その結果あまりの強さに圧倒され、角を折られてしまった。 助けに来た聖剣士たちも氷漬けにされ、ケルディオは逃走。そのためにキュレムに追われていたのであった。

Meowth and Wobbuffet sit on a cliff near a crystal cave, with Meowth thinking about how beautiful Meloetta is. Suddenly, Meloetta flies past, searching for something, then flies off. Meowth and Wobbuffet take off after it.

「ルナトーン岩」と呼ばれる岩に満月が上に来ると、幻のポケモンのメロエッタがリサイタルをするという。音を奏でる木の実「メロディベリー」を生み出しリサイタルを始めるメロエッタだが、リサイタル中にニャースとイワパレスが喧嘩をして砂嵐が吹き荒れ、「メロディベリー」が吹き飛ばされてしまう。このままでは、リサイタルが中止になってしまうのだ。ピカチュウたちは、「メロディベリー」を探し出すことはできるのか!?

To celebrate their graduation from university Kaori and her two friends visit Okinawa in southern Japan for a short vacation. At the vacation house, provided by Tadashi's uncle, a numbing stench awaits the girls, and can be traced to a horrendously deformed, legged fish that Kaori kills. More and more of these creatures appear and portend a horrific change for the animal life in the area. A phone call from Kaori's fiancé Tadashi in Tokyo quickly shows the scope of this epidemic, when he is also attacked by these mechanized fish. Kaori immediately sets out on an perilous voyage to find out what happened to Tadashi, helped by Shirakawa — a videographer in search of the truth behind all this...

サッカーとバスケットボールの要素を織り交ぜた新スポーツ「ポケモン・バッカーズ」のワールドカップが開かれるクラウンシティを目指していたサトシ達は、その道中でヤルキモノの集団に追い詰められていたポケモン・ゾロアと出会う。ゾロアはテレパシーを使い、「マァを助けに行く」とサトシ達に言う。ピカチュウ達の説得もあって、サトシ達はゾロアに協力する事を決め、ゾロアと共にクラウンシティへと向かった。 しかしサトシ達がクラウンシティに着いた時、街の旧市街に繋がる橋が全て封鎖されていた。伝説のポケモンであるライコウ・エンテイ・スイクンが悪のポケモン・ゾロアークに操られて暴れているのだという。そこへ巨大企業コーダイネットワークの社長・コーダイが旧市街に立ち入らないようにとモニターで勧告を出していた。しかし、その暴れているゾロアークこそがゾロアの探していた「マァ」だったのだ。

旅を続けるサトシ一行は、自然に囲まれた町・ミチーナに到着する。タッグバトルをしたトレーナーの案内で、遺跡に向かったサトシたちは、そこで時を司る神・ディアルガを呼び出す女性・シーナに出会う。 シーナからアルセウスについての言い伝えを聞いてた時、遂にアルセウスが長い眠りから覚め、人間を滅ぼそうと復讐のために現れる。

旅を続けるサトシ一行の前に、見たこともない小さなポケモンが現れる。それはかんしゃポケモンのシェイミであった。グラシデアの花畑に行く途中迷子になったようで、自分を花畑に連れて行くようサトシ達に頼む。しかし、突如シェイミが鏡の中に引き込まれ、同時にサトシとヒカリも引き込まれる。その先には、見たこともない不思議な世界が広がっていた。2人は、そこでこの世界を研究している"ムゲン"という科学者と出会う。 彼によれば、そこは"反転世界"と呼ばれる別の世界で、現実世界とちょうど裏表のように存在する世界なのだという。さらに、その2つの世界を自由に行き来できるポケモン・"ギラティナ"が棲む世界であることを教えられる。 ムゲンの手助けもあり、何とか現実世界に戻ることができたサトシ達。しかし、そこへシェイミを狙って謎の青年・"ゼロ"が襲いかかる。

ヒカリのポケモンコンテスト挑戦のため、断崖の町・アラモスタウンを訪れたサトシたち。しかし町では、100年前の天才建築家・ゴーディにより設計された庭園が何者かに荒らされる事件が起きるなど、町全体で異変が続いていた。 犯人として疑われるポケモン・"ダークライ"。その頃、町の象徴である「時空の塔」で町の異変を調査していたトニオは、ゴーディの日記に記された予言を読み、「神」と呼ばれしポケモン・"ディアルガ"と"パルキア"にまつわる悪夢が町に近づいていることに気づく。

盗賊団「ファントムトループ」を率いる悪名高い海賊「ファントム」は、ある日海底で1つのタマゴを手に入れるが、忍び込んでいたポケモンレンジャーの「ジャック・ウォーカー」（ジャッキー）により奪われる。 一方、サトシ一行は旅の途中でポケモンと心を通わすことができるという今では数少ない水の民の一族の末裔、ヒロミとその家族によるマリーナ一座に出会う。たまたま一座と旅を共にすることになったサトシ一行だが、旅の途中ハルカは偶然にも不思議に光るマナフィの卵を発見する。 実はマナフィの卵をファントム一味から守る

数百年前、オルドラン城は戦争に巻き込まれる危機に瀕する。城と運命を共にすると誓う女王の元から、その城に仕える波導使いアーロンは弟子のルカリオの元へと立ち去るが、戦いが始まろうとしたまさにその時、世界のはじまりの樹に光が灯り、戦いは防がれるのだった。 現代に至り、アーロンは城を守った波導の勇者の伝説として語り継がれ、オルドラン城ではその年の勇者を決めるためのポケモンバトルの大会が催されていた。その大会へ参加したサトシは見事優勝し、優勝者にのみ握ることの許された「アーロンの杖」を手にする。すると突然杖に光が灯りアーロンの弟子であったはずのルカリオが飛び出してきたのだった。

ある日、宇宙から隕石が飛来し氷原に激突した。隕石の元へ駆けつけた観測隊のロンド博士たちが見たのは、DNAポケモン「デオキシス」だった。そこへさらにデオキシスを追って「レックウザ」が襲来。激しい戦いの末にデオキシスは敗れ、レックウザも天空へと帰ってゆく。その戦いのさなか、ロンド博士の息子であるトオイは戦いから逃げようとしたポケモンの群れの移動に巻き込まれ、それがトラウマとなりポケモンに触れなくなる。 それから4年後。ハイテク都市ラルースシティに到着したサトシ一行は、ひょんなことからトオイと出会う。トオイのトラウマを克服させようとするサトシだったが、ラルースシティにデオキシスが出現し、レックウザもまたデオキシスを追ってくる。