Natsuki Yoshihara

On Tamagotchi planet, Mametchi has just finished his new creation. But on its first trial run, the mischievous Kuchipatchi manages to throw the machine's aim off course, which results in a child from Earth, Tampopo, being transported to the Tamagotchi Planet.

盗賊団「ファントムトループ」を率いる悪名高い海賊「ファントム」は、ある日海底で1つのタマゴを手に入れるが、忍び込んでいたポケモンレンジャーの「ジャック・ウォーカー」（ジャッキー）により奪われる。 一方、サトシ一行は旅の途中でポケモンと心を通わすことができるという今では数少ない水の民の一族の末裔、ヒロミとその家族によるマリーナ一座に出会う。たまたま一座と旅を共にすることになったサトシ一行だが、旅の途中ハルカは偶然にも不思議に光るマナフィの卵を発見する。 実はマナフィの卵をファントム一味から守る

数百年前、オルドラン城は戦争に巻き込まれる危機に瀕する。城と運命を共にすると誓う女王の元から、その城に仕える波導使いアーロンは弟子のルカリオの元へと立ち去るが、戦いが始まろうとしたまさにその時、世界のはじまりの樹に光が灯り、戦いは防がれるのだった。 現代に至り、アーロンは城を守った波導の勇者の伝説として語り継がれ、オルドラン城ではその年の勇者を決めるためのポケモンバトルの大会が催されていた。その大会へ参加したサトシは見事優勝し、優勝者にのみ握ることの許された「アーロンの杖」を手にする。すると突然杖に光が灯りアーロンの弟子であったはずのルカリオが飛び出してきたのだった。

ムサシたちがボスを迎えに行く間、森の中に作られたロケット団のひみつ基地で留守番することになったニャース。ボスにいいところを見せたいニャースは、音楽が鳴りだせばポケモンたちが勝手に踊りだしてしまう新発明アイテム“モンスターダンシングボール”を披露するため、ささやきポケモンのゴニョゴニョを捕まえてくる。一方、偶然基地を見つけたピカチュウたちは、捕らわれたゴニョゴニョを助けようとするのだが……。