Hiromu Arakawa

エドワード・エルリック（山田涼介）らはグラトニーに飲み込まれるも、人体錬成の考え方を応用し、脱出することに成功する。ところが、そこには「お父様」と呼ばれる、ヴァン・ホーエンハイムと同じ見た目の男（内野聖陽）がいた。エドたちはお父様が国土全体を使った錬成陣計画を企てていることを知る。

国家錬金術師ばかりを狙った連続殺人事件が起きる中央 (セントラル) を訪れたエドとアル。犯人は正体不明ながら、額に十字傷を持つことから "傷の男 (スカー)" と呼ばれていた。兄弟も命を狙われ応戦するものの、圧倒的な強さの前に機械鎧 (オートメイル) を破壊され、絶体絶命となる。果たして二人はこの危機を乗り越え、元の身体を取り戻すことができるのだろうか。隠されたこの国の秘密と“約束の日”、そしてエドとアルの父親の過去。幾重にも重なる謎と真実が解き明かされ、物語は圧巻のフィナーレへ。最後に兄弟が出した答えとは…?

他界した母を復活させるべく錬金術でタブーとされる“人体錬成”を試みたエドワードとアルフォンスの兄弟。錬成は失敗に終わり、エドワードは左脚を、アルフォンスは体全体を喪失するが、エドワードは自分の右腕と引き換えにアルフォンスの魂を鎧に定着させる。数年後、エドワードはなくした体の器官に機械鎧（オートメイル）を装着し国家錬金術師となり、“鋼の錬金術師”と呼ばれていた。兄弟は失ったものを取り戻すため、“賢者の石”を探す旅に出る。

進学校に通ったが受験に失敗してしまい、寮があるからという理由だけで逃げるように大蝦夷農業高校（通称・エゾノー）に入学した勇吾。将来の目標や夢を抱く同級生のアキや駒場に劣等感を感じながら、酪農科学科の数々の実習、体育の授業での20キロマラソン、アキに誘われて入部した馬術部での朝4時起きなど悪戦苦闘の日々を送る。彼は実習で出会った子豚に“豚丼”と名付けかわいがるが、“豚丼”が出荷される日がやって来る。

錬金術を使いこなす少年、エドワード・エルリックと、その弟であるアルフォンス・エルリックは、自身らの過去の過ちから失ってしまったものを取り戻す方法を探し、アメストリス国中を旅していた。 アメストリスの首都であるセントラルシティにある中央刑務所、そこにはメルビン・ボイジャーという名の囚人がいた。刑期終了を間近に控えていながら、メルビンは新聞のとある記事を読んだことをきっかけに脱獄する。メルビンの使いこなす未知の錬金術を目撃したエルリック兄弟は、その錬金術の詳細を知るために彼を追いかけ、西の大国・クレタとの国境の街・テーブルシティへと辿りついた。 かつては「ミロス」と呼ばれていたという、巨大な崖「デスキャニオン」に周囲を覆われたその街で、エルリック兄弟はミロスのレジスタンス組織「黒コウモリ」に属する1人の少女と出会った。ジュリア・クライトンというその少女の言葉に導かれ、兄弟はその地でかつて起こった惨劇、ミロスの民の過酷な歴史を知らされるのだった。

舞台は1923年のドイツ（ワイマール共和国）にあるミュンヘン。この頃のドイツでは、第一次世界大戦敗戦後の、インフレに伴う貧困に喘ぎながら、それでも人々は懸命に生きていた。 アニメ最終話で錬金術世界から現実世界へと飛ばされたエドワードは18歳になり、元の世界に戻る為にロケット工学を研究していたが、先の見えない現実に焦燥していた。その頃、エドの同居人で「自らの手でロケットを作りたい」と夢見るアルフォンス・ハイデリヒは、パトロンを得て念願のロケット製作に着手する。しかしその裏には謎の組織・トゥーレ協会の陰謀が隠されていた。 あるとき、街で行われたカーニバルに来ていたエドワードは一人の女性に出会った。彼女の名は「ノーア」。彼女には、自分が触った相手の心の中や記憶を観る事ができるという不思議な力があった。彼女は「ジプシー」と呼ばれる被差別民族で、自分たちのことは「ロマ」と呼んでいた。そんな彼女と出会ったエドワードは、次第にドイツで起ころうとしている壮大な計画へと巻き込まれてゆく。そしてそれは同時に、錬金術世界の破滅の危機をも意味していた。 一方、アメストリスで13歳に成長したアルフォンスは兄を探す旅に出る。アルはエドとともに旅した4年間の記憶を失くしていたのだった。そして大切な思い出とともに、希望が時に予想だにしない悲劇を引き起こすことになるということも忘れていた。「兄さんに会いたい」その純粋な想いの果てに悲劇が待っているとは知らずに…。 引き裂かれた兄弟、シャンバラを求める者。門の鍵を為す者、様々な人間の思惑と欲望を孕んで物語の幕は再び上がる。