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毎日魚を見つめ、その絵を描き、食べ続けても飽きないほど魚が大好きな小学生の“ミー坊”。わが子が少々変わっていることを父親が心配する一方で、母親は彼を温かく見守り応援している。高校生になっても相変わらず魚に夢中なミー坊は、町の不良とも仲が良く、いつの間にか周囲の人々の中心にいるのだった。やがて、一人暮らしを始めたミー坊(のん)はさまざまな出会いを経験し、自分だけが進むことのできるただ一つの道を突き進んでいく。
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数日間行方不明だった夫の真治がようやく家に戻って来たものの、それまでとはどこか違う彼の態度や言動に、妻の鳴海は戸惑いといらだちを募らせることに。けれども、そんな彼女にはお構いなしに、真治は毎日ふらふらと散歩に出掛けては、何やら不可思議な行動を繰り返す。そのころ町では、とある一家が惨殺されるなど、奇妙な出来事が次々と発生。ジャーナリストの桜井は、何かがおかしいと、独自の調査を開始する。
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世界を震撼させたキラ事件が佳境を迎えていた頃、タイのとある村で新種のウイルスによるバイオテロが発生し、某国は事件の証拠隠滅のため爆撃によって村を焼き払った。そのウイルスはインフルエンザ並の流行性とエボラウイルス並の致死率を掛け合わせた恐るべきものだった。 自分の命とワタリの死という代償を負ってキラ事件に終止符を打ったLは残りの時間をかけて世界中の難事件をたった一人で解決していた。だがタイの事件の生き残った少年「BOY」と、ワタリに託されるはずだったウイルスを携えた少女・真希の来訪に端を発し、Lは「人類削減計画」を掲げる環境保護団体『ブルーシップ』が関わる事件の解決に動き出す。