Naoki Iwasa

無邪気で不器用な少女メアリは、森で7年に1度しか咲かない不思議な花“夜間飛行”を見つける。この花は、魔女の国から盗み出された禁断の花だった。一夜限りの不思議な力を得たメアリは、魔法大学“エンドア”への入学を許されるが、あるうそをついたことから大事件に発展してしまう。

2020年、岡山・倉敷市。無愛想な父と2人で暮らす女子高校生ココネは、昼寝が大好きで授業中に居眠りしては怒られていた。彼女は、眠るたびに異世界で姫となって冒険する夢を見るようになり、不思議に感じていた。そんなある時、突然父が逮捕され、東京へ連行されてしまう。父を信じるココネは、幼なじみの大学生モリオとともに東京へ向かうが、その中で自分の周囲で起きる一連の事件と、あの奇妙な夢との関連性に気付く。

石ノ森学園中学校に転校してきた中学3年生のアリスこと有栖川徹子は、1年前に「ユダが、4人のユダに殺された」という3年1組に関するうわさを耳にする。彼女は自分の家の隣の屋敷が「花屋敷」と呼ばれ、この辺りの中学生たちを怖がらせていることも知る。隣家の住人のハナならユダについて何か知っていると聞かされたアリスは、花屋敷へ足を運ぶ。

宝石店に怪盗キッドが現われ、コナンが追い詰めるも取り逃がしてしまう。だがコナンはいつものキッドと違う手口から、その正体がルパン三世の変装だったことを見抜く。そんな折、人気歌手エミリオが来日したというニュースが報じられるが、コナンは映像の中にルパン一味の次元大介の姿を見つけ、事件を予見する。やがてルパンから警察に宛て、米花町の銀行の金庫に眠る秘宝・チェリーサファイアをいただくという予告が届き……。

ゴンと共に旅をしていたキルアは、兄のイルミに「お前には友達はできない」と迫られる夢にうなされていた。しばらくして二人は、マリオネットを操って路上ライブにいそしみ、ライブ終了後に投げ銭を受け取る人形師に出会う。人形師の名はレツといった。 一方、クラピカはレオリオとの道中、竪琴を弾く少年と出会う。少年は、かつて試験官が引き連れてきた者から同伴者を一人選んで行う試験で、競争相手であるはずの隣相手を選び、共に合格した程の仲である目の見えない少年、パイロだった。クラピカはレオリオに先を促して二人の時間を作った。再会も束の間、クラピカはパイロに両の目を奪われてしまう。クラピカが病室で静養している中を幻影旅団No.4のヒソカが現れ、奪った相手が以前の幻影旅団No.4だった男だと語った。その男の名は……。

裏社会の顔役・藤堂は、不二子と結託してルパンにとあるオークションに出品される宝石「人魚の鱗」を盗むように脅迫する。複数の事情の元、「人魚の鱗」が売り出されるオークション会場から見事に盗み出したルパンだったが、藤堂は秘書の美沙と共に、参加者の一人で宝石の出品者氷室の策により、彼の用心棒である殺し屋・影浦に殺されてしまった。盗み出した「人魚の鱗」が偽物だと知ったルパンは、姿を現した不二子から氷室の狙いが八百比丘尼の財宝であることを聞かされ、人魚の鱗と共に財宝の封印を解く第2の鍵「龍鱗石」を盗み出す。