Alex Henning

2025年、人類は地球の自然環境を破壊してしまい、遠く離れた惑星ノヴァ・プライムに移住する。ノヴァ・プライムの先住民は、人の恐怖心を察知して人類を抹殺する巨大生物「アーサ（URSA)」を作り上げた。レンジャー部隊の候補生である13歳のキタイ・レイジは訓練に励んでいたが、能力的な成績は良いものの精神的には未熟とみなされ、正式任用には不適格とされてしまう。幼少の頃、姉のセンシ・レイジが「アーサ」に殺害されるのを見た恐怖心が拭えないためでもあった。

1931年、パリ。身寄りのない少年ヒューゴはリヨン駅の時計台の中に隠れ住み、孤独な毎日を送る。そんな彼に大切なのは、亡くなった父親が残した、壊れた“機械人形”。その修理に悪戦苦闘していたヒューゴは駅の構内にあるおもちゃ店で万引きを働き、店主の老人に、人形について書かれた大切な父のノートを取り上げられてしまう。そんなヒューゴだが、老人の養女イザベルと仲良くなり、一緒に機械人形の秘密を探る。

南極で研究を続ける古代気象学者ジャック・ホール教授は調査データから地球規模の自然危機を予感する。そして、その4か月後、東京などで異常気象が発生し彼の嫌な予感は現実味を帯びてくる。