Tomoo Fukumoto

地球暦2005年。セイバートロン星はデストロンの占領下にあった。そしてサイバトロンは、セイバートロン星にある2つの月に設けたムーンベース、そして地球のサイバトロンシティを拠点とし、故郷奪還の悲願に燃えていた。 度重なる激戦の末にサイバトロンは多くの仲間と、そして総司令官であるコンボイまでを失うこととなった。そして、サイバトロンのリーダーが代々受け継ぐ叡智の結晶「マトリクス」はコンボイの身を離れ、新たにリーダーとなる人物を待つことになる。 一方、セイバートロン星で伝説として伝わる超巨大トランスフォーマー「ユニクロン」が宇宙の彼方より現れ、セイバートロン星に迫りつつあった。ユニクロンはマトリクスが自らの脅威と自覚し、スタースクリームの裏切りで宇宙空間に放逐されたメガトロンをガルバトロンとして再生強化し、マトリクスの破壊を命じる。 新生デストロン、そしてユニクロン。果たしてサイバトロンは母星を、マトリクスを守りきれるのか。

A tiny girl, only as long as a man's thumb, is born to a childless woman, abducted by frogs who want her to marry their son, but escaping instead (with the help of a bumblebee) to find a real prince without having to kiss the frog first.

世界各地の都市を破壊する巨大怪獣を倒すべく、平和な日常を捨てて、再び集結したサイボーグ戦士たち。その旅の途中で009は記憶喪失の少女・ヘレナと出会うが、それさえも「黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）」の罠だった。怪獣を追い詰めたその先に待っていたのは009の前に立ちはだかるヘレナ。なんと彼女は「黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）」のスパイ、サイボーグ0010だったのだ！ ヘレナと対決するものの、彼女にトドメを刺すことができない009。やがて009に命を救われたことで心が動いたヘレナの助力によって、サイボーグ戦士たちは敵基地の爆破に成功し、ついには「黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）」の野望を打ち砕いたのであった。