Shigeki Morimoto

イッシュ地方を手中に収めるべく暗躍していた組織「プラズマ団」。今ではサトシとNらの活躍で壊滅してしまった彼らは過去に絶滅したポケモンを現世に蘇らせていた。それが3億年前までに生息していたといわれる古代のポケモン「ゲノセクト」だった。化石から復元させられた5体のゲノセクトは背中に砲台を取り付けられた。だが5体は人間への憎しみを芽生えさせプラズマ団から逃げ出してしまう。そして現在。ゲノセクト達は元々いた住処へと帰ってきたが、そこは既に変わり果てていた。そこへ人間がミュウの遺伝子を使って生み出したポケモン「ミュウツー」が現れる。ゲノセクトの声を感じてやって来たミュウツーは彼らの心を読み、自分と同じ境遇を持つゲノセクトを救おうとする。しかし、赤い体色のゲノセクトがそれを拒否すると仲間を従わせ、ミュウツーを攻撃。そのまま去ってしまう。

サッカーとバスケットボールの要素を織り交ぜた新スポーツ「ポケモン・バッカーズ」のワールドカップが開かれるクラウンシティを目指していたサトシ達は、その道中でヤルキモノの集団に追い詰められていたポケモン・ゾロアと出会う。ゾロアはテレパシーを使い、「マァを助けに行く」とサトシ達に言う。ピカチュウ達の説得もあって、サトシ達はゾロアに協力する事を決め、ゾロアと共にクラウンシティへと向かった。 しかしサトシ達がクラウンシティに着いた時、街の旧市街に繋がる橋が全て封鎖されていた。伝説のポケモンであるライコウ・エンテイ・スイクンが悪のポケモン・ゾロアークに操られて暴れているのだという。そこへ巨大企業コーダイネットワークの社長・コーダイが旧市街に立ち入らないようにとモニターで勧告を出していた。しかし、その暴れているゾロアークこそがゾロアの探していた「マァ」だったのだ。

旅を続けるサトシ一行は、自然に囲まれた町・ミチーナに到着する。タッグバトルをしたトレーナーの案内で、遺跡に向かったサトシたちは、そこで時を司る神・ディアルガを呼び出す女性・シーナに出会う。 シーナからアルセウスについての言い伝えを聞いてた時、遂にアルセウスが長い眠りから覚め、人間を滅ぼそうと復讐のために現れる。

ある日、宇宙から隕石が飛来し氷原に激突した。隕石の元へ駆けつけた観測隊のロンド博士たちが見たのは、DNAポケモン「デオキシス」だった。そこへさらにデオキシスを追って「レックウザ」が襲来。激しい戦いの末にデオキシスは敗れ、レックウザも天空へと帰ってゆく。その戦いのさなか、ロンド博士の息子であるトオイは戦いから逃げようとしたポケモンの群れの移動に巻き込まれ、それがトラウマとなりポケモンに触れなくなる。 それから4年後。ハイテク都市ラルースシティに到着したサトシ一行は、ひょんなことからトオイと出会う。トオイのトラウマを克服させようとするサトシだったが、ラルースシティにデオキシスが出現し、レックウザもまたデオキシスを追ってくる。

天候、気流が安定しない断崖絶壁の大渓谷「ピュアズロック」を通るとされる唯一のバスを乗り過ごしてしまったサトシ達一行は、近場で宿屋を営む女性ルナに一晩泊めてもらう事になる。 翌日、ピュア川の研究をする為に訪れた博士ペニシリーナとその助手ドミノが宿屋に訪れた。 その時、お約束のように現れるロケット団に捕まったピカチュウを助ける為にサトシ達一行はルナ、ペニシリーナ達と共にロケット団の気球を追う。 しかし、突然助手のドミノがロケット団の気球をサトシ達諸共撃ち落とし自分は小型ロケットで逃げてしまった。　 実はドミノはロケット団のボス、サカキから命令を受けピュアズロックでミュウツーの行方を探していたのだった。 ロケット団と共にピュアズロックの頂上に落ちたピカチュウはそこで自分に対して何故か怒りを見せる見知らぬピカチュウと遭遇する。 見知らぬピカチュウはピカチュウに対して攻撃しようとするが、何者かが現れそれを制止する。そこに現れたのはあのミュウツーだった……

夏休みを楽しむため、ポケモン広場にやってきたサトシ達一行。ピカチュウは、サトシから皆の面倒を見る様に言われる。 しかし、おなかをすかせたトゲピーが泣き出してしまう。どうにか寝かしつけたものの、おしゃべりをし騒いでいたカラカラ達のせいで起きてしまう。 ゼニガメやフシギダネと言い争いになったのを止めようとするピカチュウであったが、逆に巻き込まれ、ドタバタ劇に発展していく。