Akio Mishima

過去の「感染」よって、正常な機能を失い無秩序に、そして無限に増殖する巨大な階層都市。都市コントロールへのアクセス権を失った人類は、防衛システム「セーフガード」に駆除・抹殺される存在へと成り下がってしまっていた。都市の片隅でかろうじて生き延びていた「電基漁師」の村人たちも、セーフガードの脅威と慢性的な食糧不足により、絶滅寸前の危機に瀕してしまう。少女・づるは、村を救おうと食糧を求め旅に出るが、あっという間に「監視塔」に検知され、セーフガードの一群に襲われる。仲間を殺され、退路を断たれたその時現れたのは、“この世界を正常化する鍵”と言われている「ネット端末遺伝子」を求める探索者・霧亥（キリイ）であった。

ある夜、八神はやてはトラックとの事故に遭ってしまうが、「闇の書」が起動することによって助かる。そして「守護騎士（ヴォルケンリッター）」と出会い、闇の書の主となる。はやてと触れ合う内、いつしか家族のような絆で結ばれるヴォルケンリッターであったが、闇の書の呪いによりはやての余命があとわずかであることを知った彼女達ははやてを救うため、はやてに禁じられた闇の書の蒐集を開始する。 ロストロギア「ジュエルシード」が発端となったプレシア・テスタロッサ事件から半年後、裁判が終わったフェイトとなのはの再会が果たされた。しかしその夜、ヴォルケンリッターの襲撃にあい敗北し、なのは達はリンカーコアを闇の書に蒐集されてしまう。 この闇の書の起動によって引き起こされる数多くの痛み・悲しみを終わらせるため、そして、大切な主であるはやてを救うため、戦うヴォルケンリッター、真相を知らず彼女達と対立するなのはとフェイトら時空管理局一同。二つの思いがぶつかる中、事件は思いがけない方向へと向かう。はたして、ヴォルケンリッターははやてを救うことができるのか？そして、なのはとフェイト達は闇の書の呪いを断ち切ることができるのか？

自称平凡な小学3年生、高町なのはは助けを求める声に導かれ、不思議なフェレットが負傷し倒れているところを発見、保護する。その夜、再び声が響きフェレットを預かっている動物病院に向かうとそこで異形の怪物がフェレットと対峙する場面に出くわす。彼の正体は異世界ミッドチルダからやってきた少年ユーノ・スクライアだった。 彼がこの世界に来た理由。それは彼が発掘したロストロギア（異世界に存在した高度な魔法技術の遺産）「ジュエルシード」が散らばってしまったためであった。成り行きから事情を知ったなのはは、ユーノと共にジュエルシードを集め、封印する手伝いをすることになる。そして次第になのははユーノだけではなく、自分のために魔法の世界に関わっていく決意を固め、その秘めた力を開花させていく。