Kazumi Sato

1960年代の東京・さくら元町。少年下町シンは新聞配達のアルバイトをしながら、唯一の肉親である病気の母を懸命に支えていた。しかし謎の妖怪が母に取り憑き、母は突然操られたように家を飛び出した末、車に轢かれて命を落としてしまう。自暴自棄に至ったシンは母の後を追おうと川に飛び込もうとした時、高城イツキに引き止められ「死んだって母さんには会えない」「最後まで投げるな」と諭す。イツキの姉も同じようにビルから飛び降り命を落とし、それは魂を奪う妖怪・玉藻前（タマモ）の仕業であるという真相に至った。

穏やかな日常は終わりを告げ、運命の日が始まろうとしていた。数千年に一度、地球を襲う最悪の妖怪ウィルス・鬼まろ。人の“悪意”に感染して無限に増殖していく…。 いちはやく異変に気づいたエンマ大王は人間と妖怪の滅亡の危機を救うため、いにしえの力を秘めた『妖怪ウォッチ エルダ』に選ばれし者を見つけだした。なんとそれはケータの娘・ナツメだった！ウィスパーから『エルダ』を受け取ったナツメは、妖気を操る少年・アキノリ、そして伝説の猫妖怪・ジバニャンたちと鬼まろ退治にのりだした。 いっぽう鬼まろは、闇を抱える少年・トウマと契約を交わし、“悪意”を増殖させる邪悪な『鬼眼ギア』を与える。トウマを利用し、次々と人の心を食らっていく鬼まろ。そして、鬼まろが集めた“悪意”が力をあたえ、最も恐ろしい鬼王・羅仙を蘇らせてしまった！

サトシやピカチュウたちが旅をしていると、空から幻のポケモン、ボルケニオンが降ってくる。人間に傷つけられたポケモンたちとネーベル高原で生活している人間嫌いのボルケニオンだったが、なぜかサトシと不思議な鎖でつながれてしまう。サトシは、未知なる力を宿す人造ポケモン・マギアナを救出すべく超カラクリ都市・アゾット王国へ向かうボルケニオンと行動を共にすることになり……。

5つのストーリーをオムニバス形式で構成。突然妖怪になってしまったケータ、8年後の世界にタイムスリップし妖怪になる前の飼い主エミちゃんに会ったジバニャン、弟ができたと母ちゃんに告げられるコマさん、 思い出とともにサンタ当番をこなすUSAピョン。それぞれの物語に隠されたメッセージとは何なのか。全く別の物語が最後の5つ目の物語の地「妖怪ワールド」で明らかになる。

100年前、砂漠の街「デセルシティ」は、強大な力を持つポケモンによって壊滅的な被害を受けていた。そこへ現れた旅人が、不思議な力を持つツボでそのポケモンを封印したことで、デセルシティの人々は平穏な時間を取り戻していた。 そして時は流れ現在、旅を続けるサトシ達一行は、不思議なリングを使って色々なものを取り出したりする力を持つ謎のポケモン「フーパ」と、フーパの世話をしている少女・メアリと出会う。無邪気でいたずらとドーナツが好きなフーパは、サトシとピカチュウを「サートン」「ピーカン」と呼び、サトシ達とすぐに仲良しになる。デセルシティに着いたサトシ達は、メアリの兄・バルザと出会うが、フーパはどこか怪しい雰囲気のバルザと、彼の持っていた「いましめのツボ」にひどく怯える。バルザはフーパの姿を確認すると突然、ツボの蓋を開け、ツボの中から噴き出した「影」に包まれたフーパは苦しみ出し、邪悪な気配をまとった巨大なポケモンへと姿を変えた。

100年前、砂漠の街「デセルシティ」は、強大な力を持つポケモンによって壊滅的な被害を受けていた。そこへ現れた旅人が、不思議な力を持つツボでそのポケモンを封印したことで、デセルシティの人々は平穏な時間を取り戻していた。 そして時は流れ現在、旅を続けるサトシ達一行は、不思議なリングを使って色々なものを取り出したりする力を持つ謎のポケモン「フーパ」と、フーパの世話をしている少女・メアリと出会う。無邪気でいたずらとドーナツが好きなフーパは、サトシとピカチュウを「サートン」「ピーカン」と呼び、サトシ達とすぐに仲良しになる。デセルシティに着いたサトシ達は、メアリの兄・バルザと出会うが、フーパはどこか怪しい雰囲気のバルザと、彼の持っていた「いましめのツボ」にひどく怯える。バルザはフーパの姿を確認すると突然、ツボの蓋を開け、ツボの中から噴き出した「影」に包まれたフーパは苦しみ出し、邪悪な気配をまとった巨大なポケモンへと姿を変えた。

平凡な小学5年生の少年、ケータは不思議な腕時計・妖怪ウォッチを手に入れたことから、周りで騒動を起こす妖怪が目に見えるように。そんなある日、睡眠中のケータの腕から妖怪ウォッチが消えてしまう。その後、妖怪フユニャンと運命的な出会いを果たしたケータは、妖怪ウォッチを奪取するため、時を超えて60年前に向かう。しかし、そこには予想だにしない力を持つ敵が待っていた。

カロス地方には生命を操るといわれる伝説のポケモンが2体存在していた。1体は生命を与える力を持ったポケモンで「ゼルネアス」と呼ばれた。一方でもう1体はあらゆる生命を奪う力を持ち、「イベルタル」と呼ばれていた。遙か昔、イベルタルはカロス地方の「オルアースの森」で自然やポケモンから生命を奪い、全てを石に変えた末に繭となって眠りについた。その後に現れたゼルネアスは自ら生命を与え、被害を抑える事に成功した。この一連の事件は後に「大破壊」と呼ばれる様になる。 そして時が流れ、舞台はメレシー達が平和に暮らす地底王国「ダイヤモンド鉱国」に移る。幻のポケモン「ディアンシー」が姫として治めている鉱国には巨大ダイヤモンド型のエネルギー源「聖なるダイヤ」が置かれており、鉱国はその鉱石によって形を保ち続けていた。

カロス地方には生命を操るといわれる伝説のポケモンが2体存在していた。1体は生命を与える力を持ったポケモンで「ゼルネアス」と呼ばれた。一方でもう1体はあらゆる生命を奪う力を持ち、「イベルタル」と呼ばれていた。遙か昔、イベルタルはカロス地方の「オルアースの森」で自然やポケモンから生命を奪い、全てを石に変えた末に繭となって眠りについた。その後に現れたゼルネアスは自ら生命を与え、被害を抑える事に成功した。この一連の事件は後に「大破壊」と呼ばれる様になる。 そして時が流れ、舞台はメレシー達が平和に暮らす地底王国「ダイヤモンド鉱国」に移る。幻のポケモン「ディアンシー」が姫として治めている鉱国には巨大ダイヤモンド型のエネルギー源「聖なるダイヤ」が置かれており、鉱国はその鉱石によって形を保ち続けていた。

イッシュ地方を手中に収めるべく暗躍していた組織「プラズマ団」。今ではサトシとNらの活躍で壊滅してしまった彼らは過去に絶滅したポケモンを現世に蘇らせていた。それが3億年前までに生息していたといわれる古代のポケモン「ゲノセクト」だった。化石から復元させられた5体のゲノセクトは背中に砲台を取り付けられた。だが5体は人間への憎しみを芽生えさせプラズマ団から逃げ出してしまう。そして現在。ゲノセクト達は元々いた住処へと帰ってきたが、そこは既に変わり果てていた。そこへ人間がミュウの遺伝子を使って生み出したポケモン「ミュウツー」が現れる。ゲノセクトの声を感じてやって来たミュウツーは彼らの心を読み、自分と同じ境遇を持つゲノセクトを救おうとする。しかし、赤い体色のゲノセクトがそれを拒否すると仲間を従わせ、ミュウツーを攻撃。そのまま去ってしまう。

イッシュ地方を手中に収めるべく暗躍していた組織「プラズマ団」。今ではサトシとNらの活躍で壊滅してしまった彼らは過去に絶滅したポケモンを現世に蘇らせていた。それが3億年前までに生息していたといわれる古代のポケモン「ゲノセクト」だった。化石から復元させられた5体のゲノセクトは背中に砲台を取り付けられた。だが5体は人間への憎しみを芽生えさせプラズマ団から逃げ出してしまう。そして現在。ゲノセクト達は元々いた住処へと帰ってきたが、そこは既に変わり果てていた。そこへ人間がミュウの遺伝子を使って生み出したポケモン「ミュウツー」が現れる。ゲノセクトの声を感じてやって来たミュウツーは彼らの心を読み、自分と同じ境遇を持つゲノセクトを救おうとする。しかし、赤い体色のゲノセクトがそれを拒否すると仲間を従わせ、ミュウツーを攻撃。そのまま去ってしまう。

サトシ一行は次の街ローシャンを目指す途中、列車の上で傷ついたポケモンを見つける。 そのポケモンの名はケルディオ。しかし、サトシ達が助けようとした時、突然叫ぶ。 「キュレムが来る！」 ケルディオは〝聖剣士〟と呼ばれる3匹のポケモンの後継者で、共に修行の旅を続けていたのだが、 まだ未熟なのにもかかわらず、自らを聖剣士と偽って地上最強のドラゴンポケモン・キュレムに挑んだのだという。 その結果あまりの強さに圧倒され、角を折られてしまった。 助けに来た聖剣士たちも氷漬けにされ、ケルディオは逃走。そのためにキュレムに追われていたのであった。

サトシ一行は次の街ローシャンを目指す途中、列車の上で傷ついたポケモンを見つける。 そのポケモンの名はケルディオ。しかし、サトシ達が助けようとした時、突然叫ぶ。 「キュレムが来る！」 ケルディオは〝聖剣士〟と呼ばれる3匹のポケモンの後継者で、共に修行の旅を続けていたのだが、 まだ未熟なのにもかかわらず、自らを聖剣士と偽って地上最強のドラゴンポケモン・キュレムに挑んだのだという。 その結果あまりの強さに圧倒され、角を折られてしまった。 助けに来た聖剣士たちも氷漬けにされ、ケルディオは逃走。そのためにキュレムに追われていたのであった。

サッカーとバスケットボールの要素を織り交ぜた新スポーツ「ポケモン・バッカーズ」のワールドカップが開かれるクラウンシティを目指していたサトシ達は、その道中でヤルキモノの集団に追い詰められていたポケモン・ゾロアと出会う。ゾロアはテレパシーを使い、「マァを助けに行く」とサトシ達に言う。ピカチュウ達の説得もあって、サトシ達はゾロアに協力する事を決め、ゾロアと共にクラウンシティへと向かった。 しかしサトシ達がクラウンシティに着いた時、街の旧市街に繋がる橋が全て封鎖されていた。伝説のポケモンであるライコウ・エンテイ・スイクンが悪のポケモン・ゾロアークに操られて暴れているのだという。そこへ巨大企業コーダイネットワークの社長・コーダイが旧市街に立ち入らないようにとモニターで勧告を出していた。しかし、その暴れているゾロアークこそがゾロアの探していた「マァ」だったのだ。

旅を続けるサトシ一行は、自然に囲まれた町・ミチーナに到着する。タッグバトルをしたトレーナーの案内で、遺跡に向かったサトシたちは、そこで時を司る神・ディアルガを呼び出す女性・シーナに出会う。 シーナからアルセウスについての言い伝えを聞いてた時、遂にアルセウスが長い眠りから覚め、人間を滅ぼそうと復讐のために現れる。

旅を続けるサトシ一行は、自然に囲まれた町・ミチーナに到着する。タッグバトルをしたトレーナーの案内で、遺跡に向かったサトシたちは、そこで時を司る神・ディアルガを呼び出す女性・シーナに出会う。 シーナからアルセウスについての言い伝えを聞いてた時、遂にアルセウスが長い眠りから覚め、人間を滅ぼそうと復讐のために現れる。

ヒカリのポケモンコンテスト挑戦のため、断崖の町・アラモスタウンを訪れたサトシたち。しかし町では、100年前の天才建築家・ゴーディにより設計された庭園が何者かに荒らされる事件が起きるなど、町全体で異変が続いていた。 犯人として疑われるポケモン・"ダークライ"。その頃、町の象徴である「時空の塔」で町の異変を調査していたトニオは、ゴーディの日記に記された予言を読み、「神」と呼ばれしポケモン・"ディアルガ"と"パルキア"にまつわる悪夢が町に近づいていることに気づく。

ある日、どうぶつ村にあいという女の子が引っ越して来る。ひとり暮らしを始めた彼女はたぬきちが営むタヌキ商店でアルバイトの仕事に就き、心優しいサリーやストレートな物言いが魅力のブーケら村の仲間たちと親しくなっていく。ある晩、あいが浜辺に打ち上げられたボトルを拾うと、そこには不思議なメッセージが書かれていた。

盗賊団「ファントムトループ」を率いる悪名高い海賊「ファントム」は、ある日海底で1つのタマゴを手に入れるが、忍び込んでいたポケモンレンジャーの「ジャック・ウォーカー」（ジャッキー）により奪われる。 一方、サトシ一行は旅の途中でポケモンと心を通わすことができるという今では数少ない水の民の一族の末裔、ヒロミとその家族によるマリーナ一座に出会う。たまたま一座と旅を共にすることになったサトシ一行だが、旅の途中ハルカは偶然にも不思議に光るマナフィの卵を発見する。 実はマナフィの卵をファントム一味から守る

The story of "The Mastermind of Mirage Pokémon" centers on a Pokémon scientist who has developed a new Mirage System to resurrect extinct Pokémon. Satoshi, Haruka, Masato, and Takeshi show up at the Mirage Mansion for a demonstration of this new machine, only to witness the kidnapping of the scientist! Then a mysterious stranger appears and claims that the machine can actually create Pokémon without weaknesses. It’s up to Satoshi and company to preserve the natural balance of the Pokémon world.

The story of "The Mastermind of Mirage Pokémon" centers on a Pokémon scientist who has developed a new Mirage System to resurrect extinct Pokémon. Satoshi, Haruka, Masato, and Takeshi show up at the Mirage Mansion for a demonstration of this new machine, only to witness the kidnapping of the scientist! Then a mysterious stranger appears and claims that the machine can actually create Pokémon without weaknesses. It’s up to Satoshi and company to preserve the natural balance of the Pokémon world.

ある日、宇宙から隕石が飛来し氷原に激突した。隕石の元へ駆けつけた観測隊のロンド博士たちが見たのは、DNAポケモン「デオキシス」だった。そこへさらにデオキシスを追って「レックウザ」が襲来。激しい戦いの末にデオキシスは敗れ、レックウザも天空へと帰ってゆく。その戦いのさなか、ロンド博士の息子であるトオイは戦いから逃げようとしたポケモンの群れの移動に巻き込まれ、それがトラウマとなりポケモンに触れなくなる。 それから4年後。ハイテク都市ラルースシティに到着したサトシ一行は、ひょんなことからトオイと出会う。トオイのトラウマを克服させようとするサトシだったが、ラルースシティにデオキシスが出現し、レックウザもまたデオキシスを追ってくる。

「レッドサンズ」のリーダー・涼介に県外遠征チーム加入を誘われたが即答することの出来なかった拓海。そんな中、因縁のある須藤京一、父・文太のライバルだった小柏健の息子・カイとのバトルを通して拓海は走り屋として成長してゆく。

暑い夏の日、辻本夏実巡査と小早川美幸巡査は本庁研修を修了し、1年ぶりに墨東署交通課へ帰ってきた。同僚の二階堂頼子・葵双葉・中嶋剣、そして課長・徳野刑事も笑顔で2人を迎え入れる。さらにはヒマラヤに行っていた東海林も帰国するとの連絡を受け、夏実は早くもウキウキモード。そんな中、頼子と葵が駐車場に止めてある車から大量の銃器を押収。さらには墨東各地で信号機一斉故障が発生。またタレこみにより、またも大量の銃器及び謎のMOを押収した。 捜査が進む中、墨東署に蟻塚警視正が来署。今回の事件には課長が関わっているとし、課長は逮捕されてしまう。尋問から出た言葉は「柄本警部」そして「蜂一号」。そしてついに大事件が発生。隅田川にかかるさくら橋が爆破された。犯人によると爆弾は他にもあるという。東京の警察官総出で探すが、爆弾は見つからない。その時、拘置所にいた課長が「蜂一号」とは「本庁所轄警察署襲撃要綱」であると説明を始める。そして調べの中、その警察署のモデルが墨東署だということが発覚。墨東署への魔の手は確実に迫っていた。 果たして夏実と美幸は犯行を阻止することができるのか。2人の乗るTODAYが東京の下町を疾走する。

旅を続けるサトシたちのもとに、一通の招待状が届いた。しかしそれは、ミュウツーの罠だった。そうとも知らず、サトシたちは大荒れの海を渡り、ある島を目指す。そこで待ち受けていたのは、オリジナルからさらに強いポケモンをつくり、人間たちへの逆襲を計画する最強のポケモン“ミュウツー”だった。