Shinji Satoh

日本のはるか南にある離島の那歩島(なぶとう)に、デクこと緑谷出久をはじめとする雄英高校ヒーロー科1年A組の面々が到着する。その目的は、伝説的ヒーローであるオールマイトの後継者育成プロジェクトの一環として、島民の生活を助ける期間限定の校外ヒーロー活動をすることだった。しばらく大きな事件が起きていない島で、彼らは忙しく動き回りながらもどこかゆったりと過ごしていた。だがある日、敵(ヴィラン)たちが前触れもなく那歩島に現れる。

白熱の期末試験が終わり、夏休みの林間合宿を控えた雄英高校メンバー。デクとオールマイトは、ある人物からの招待を受け海外に浮かぶ巨大人工移動都市「Ｉ・アイランド」を訪れていた。世界中の科学研究者たちの英知が集まったまさにサイエンスハリウッドのような島で個性やヒーローアイテムの研究成果を展示した「Ｉ・エキスポ」が開催される中デクは“無個性”の少女・メリッサと出会う。メリッサに、かつて同じ“無個性”だった自分を重ねあわせるデク。その時、突如鉄壁のセキュリティを誇るアイランドの警備システムが敵（ヴィラン）にハッキングされ島内全ての人間が人質に獲られてしまう！いま、ヒーロー社会の構造を揺るがしかねない【ある計画】が発動する―！その鍵を握るは、平和の象徴(ナンバーワンヒーロー)・オールマイト。

木ノ葉の里に、死んだはずの“暁”メンバーたちが襲来してきた。ナルト達は撃退し、家族たちが暖かく迎える。ただ一人、天涯孤独の身であるナルトを除いて･･･。そんなナルトと、些細な親子喧嘩で家を飛び出してきたサクラの前に“うちはマダラ”が現れ、恐るべき瞳術を発動させる。ふと気がつくと、仮面の男は消え去り平穏な木ノ葉の里が帰ってきた。だが、そこに住む人々は何かがおかしい。さらにナルトの元には、本来この世にいるはずのない男女二人が･･･。

トルコ。「ノアの方舟」が乗り上げたと言い伝えられるアララト山でアーカムの調査員が消息を絶った。同時にアララト山に強力な磁場が発生。その影響を受けたアメリカの軍事衛星が消滅した。その半年後、アーカムのNO.1スプリガン・御神苗優は、何者かからの挑戦状を友人の命と引き換えに受け取る。間一髪、難を逃れた優がアーカム日本支部に駆けつけると、そこには「次はお前の番だ!」とのメッセージと共に、3週間前にトルコ支部で襲撃されたアーカムの調査隊の遺体写真が届いていた。優は日本支部の制止を振り切ってトルコへ飛ぶ。だが、優を待ち受けていたのは「ノアの方舟」に触手を動かしたアメリカ国防総省の機械化小隊だった。