Yukihiro Watanabe

エインズワースとの激闘からひと時の休息。美遊を救出したイリヤたちは、平行世界の衛宮士郎から美遊の過去、この世界で起きた聖杯戦争のことを知らされる。それは美遊の悲しい運命であり、美遊のために兄・士郎が命を賭して歩んだ壮絶な戦いの物語だった。人類の救済のために美遊を犠牲にするエインズワース。美遊のために世界の敵となると決めた士郎。相容れない２つの正義に、すべてを守ると誓うイリヤ。「助けるよ。私はみんなが助かる道を探すって決めたから！」大切な人たちと笑いあえる明日を作るために―。魔法少女たちの戦いが、再びはじまる……！

19世紀英国。名門ファントムハイヴ伯爵家の若き当主シエルは、万能執事セバスチャンとともに、“女王の番犬”として裏社会の汚れ仕事を請け負っていた。そんなある日、暁（アウローラ）学会なる組織が死者の蘇生に成功したとの噂が流れ、2人は調査のため豪華客船カンパニア号へと乗り込む。そこには、シエルの婚約者エリザベスとその両親の侯爵一家も乗り合わせていた。やがて学会の集会に潜入したシエルたちが見たものとは。

1999年2月。両儀式は黒桐幹也の前から姿を消した。そして、それに合わせるように再発する連続猟奇殺人事件。3年前、自らを人殺しと称した式。信じ続けると誓った幹也。幹也は式の無実を証明するため、殺人事件の捜査を始める。そんな中、幹也はある麻薬事件をきっかけに、高校時代の先輩・白純里緒と再会する。