Akihiro Tamagawa

ピカチュウ・ミジュマル・キバゴ・ヤナップはお花畑で出会ったニンフィアに誘われ、森の奥にあるという『イーブイハウス』に遊びに行くことに。 そこではイーブイとその進化系である甘えん坊のサンダース、恥ずかしがり屋のブースター、リーダー的存在のシャワーズ、ナルシストなエーフィ、無口で怪しいブラッキー、くつろぐことが好きな癒し系リーフィア、怒ると怖いグレイシアがいた。 他にも、家政夫として雇われた、ニャースとソーナンスが働いていた。にぎやかなお泊り会が始まろうとしていた。

「ルナトーン岩」と呼ばれる岩に満月が上に来ると、幻のポケモンのメロエッタがリサイタルをするという。音を奏でる木の実「メロディベリー」を生み出しリサイタルを始めるメロエッタだが、リサイタル中にニャースとイワパレスが喧嘩をして砂嵐が吹き荒れ、「メロディベリー」が吹き飛ばされてしまう。このままでは、リサイタルが中止になってしまうのだ。ピカチュウたちは、「メロディベリー」を探し出すことはできるのか!?

ある日、どうぶつ村にあいという女の子が引っ越して来る。ひとり暮らしを始めた彼女はたぬきちが営むタヌキ商店でアルバイトの仕事に就き、心優しいサリーやストレートな物言いが魅力のブーケら村の仲間たちと親しくなっていく。ある晩、あいが浜辺に打ち上げられたボトルを拾うと、そこには不思議なメッセージが書かれていた。

盗賊団「ファントムトループ」を率いる悪名高い海賊「ファントム」は、ある日海底で1つのタマゴを手に入れるが、忍び込んでいたポケモンレンジャーの「ジャック・ウォーカー」（ジャッキー）により奪われる。 一方、サトシ一行は旅の途中でポケモンと心を通わすことができるという今では数少ない水の民の一族の末裔、ヒロミとその家族によるマリーナ一座に出会う。たまたま一座と旅を共にすることになったサトシ一行だが、旅の途中ハルカは偶然にも不思議に光るマナフィの卵を発見する。 実はマナフィの卵をファントム一味から守る

数百年前、オルドラン城は戦争に巻き込まれる危機に瀕する。城と運命を共にすると誓う女王の元から、その城に仕える波導使いアーロンは弟子のルカリオの元へと立ち去るが、戦いが始まろうとしたまさにその時、世界のはじまりの樹に光が灯り、戦いは防がれるのだった。 現代に至り、アーロンは城を守った波導の勇者の伝説として語り継がれ、オルドラン城ではその年の勇者を決めるためのポケモンバトルの大会が催されていた。その大会へ参加したサトシは見事優勝し、優勝者にのみ握ることの許された「アーロンの杖」を手にする。すると突然杖に光が灯りアーロンの弟子であったはずのルカリオが飛び出してきたのだった。

ある日、宇宙から隕石が飛来し氷原に激突した。隕石の元へ駆けつけた観測隊のロンド博士たちが見たのは、DNAポケモン「デオキシス」だった。そこへさらにデオキシスを追って「レックウザ」が襲来。激しい戦いの末にデオキシスは敗れ、レックウザも天空へと帰ってゆく。その戦いのさなか、ロンド博士の息子であるトオイは戦いから逃げようとしたポケモンの群れの移動に巻き込まれ、それがトラウマとなりポケモンに触れなくなる。 それから4年後。ハイテク都市ラルースシティに到着したサトシ一行は、ひょんなことからトオイと出会う。トオイのトラウマを克服させようとするサトシだったが、ラルースシティにデオキシスが出現し、レックウザもまたデオキシスを追ってくる。

天候、気流が安定しない断崖絶壁の大渓谷「ピュアズロック」を通るとされる唯一のバスを乗り過ごしてしまったサトシ達一行は、近場で宿屋を営む女性ルナに一晩泊めてもらう事になる。 翌日、ピュア川の研究をする為に訪れた博士ペニシリーナとその助手ドミノが宿屋に訪れた。 その時、お約束のように現れるロケット団に捕まったピカチュウを助ける為にサトシ達一行はルナ、ペニシリーナ達と共にロケット団の気球を追う。 しかし、突然助手のドミノがロケット団の気球をサトシ達諸共撃ち落とし自分は小型ロケットで逃げてしまった。　 実はドミノはロケット団のボス、サカキから命令を受けピュアズロックでミュウツーの行方を探していたのだった。 ロケット団と共にピュアズロックの頂上に落ちたピカチュウはそこで自分に対して何故か怒りを見せる見知らぬピカチュウと遭遇する。 見知らぬピカチュウはピカチュウに対して攻撃しようとするが、何者かが現れそれを制止する。そこに現れたのはあのミュウツーだった……

サトシたちがやって来たのは大都会ミレニアムタウン。待ち合わせの約束をした時間までしばしピカチュウは仲間と別行動をとるが、そこで出会ったのはピチューの兄弟だった。

夏休みを楽しむため、ポケモン広場にやってきたサトシ達一行。ピカチュウは、サトシから皆の面倒を見る様に言われる。 しかし、おなかをすかせたトゲピーが泣き出してしまう。どうにか寝かしつけたものの、おしゃべりをし騒いでいたカラカラ達のせいで起きてしまう。 ゼニガメやフシギダネと言い争いになったのを止めようとするピカチュウであったが、逆に巻き込まれ、ドタバタ劇に発展していく。