Dan Cortez

第2デス・スターが破壊されたエンドアの戦いから約30年後。銀河帝国が滅びる大きな要因を作ったとされるジェダイの騎士ルーク・スカイウォーカーが姿を消した。その間、銀河帝国軍の残党から新たに台頭した「ファースト・オーダー」と呼ばれる組織が、再び銀河に脅威をもたらしていた。ルークの双子の妹であるレイア・オーガナ将軍は、新共和国の支援の下で独自の軍事組織「レジスタンス」を指揮してファースト・オーダーに立ち向かうと共に、兄ルークの行方を捜索していた。

スパイダーマンとしてニューヨークの平和を守り、グウェンとの関係も好調なピーター。だが、旧友のハリー・オズボーンがニューヨークに戻ってきたのを機に、充足していた生活が微妙に変化していく。そんな折、サイ型パワードスーツを装着したライノ、人間発電機エレクトロという敵が出現。苦闘を強いられる中、追い打ちをかけるように怪人グリーン・ゴブリンとなったハリーが襲い掛かってくる。

両親を亡くし叔父のベンと叔母のメイの許で育てられたピーターは、ある日自分の父親が残したバッグに隠された資料をみつける。父について知りたいピーターは父の研究者仲間だったコナーズ博士に近づき博士の授業に参加する。しかし単独で行動し侵入した部屋で遺伝子の組みかえられたクモに刺され、博士の下で勉強している同級生のグウェンに追い出される。その帰りの電車の中でピーターは驚異的な力に目覚める。